Chapter 6
1、分泌蛋白的运输过程：
a.核糖体阶段：包括分泌型蛋白质的合成和protein跨膜转送。
b.内质网运输阶段：包括分泌蛋白腔内运输，protein糖基化等粗加工和贮存。
c.细胞质基质运输阶段：分泌蛋白以小泡形式脱离粗面ER移向高尔基体，与其顺面膜表融合。
d.高尔基体复合体加工修饰阶段：分泌蛋白在Goli complex的扁平膜内进行加工，然后以大囊泡的形式进入细胞质基质。
e.细胞内腔阶段：大囊泡发育成分泌泡，向质膜移动，等待释放。
f.肚吐阶段：分泌泡与质膜融合，将分泌蛋白释放出胞外。
2、组成型分泌途径：运输小泡持续不断地从Golgi complex运送到CM，并立即进行膜融合，将分泌小泡中的protein释放到cell外，此过程不需要任何信号的触发，它存在于所有类型的cell中。
组成型分沁小泡称运输泡，由Golgi complex反面网络对组成型分泌蛋白的识别分选后形成的。
调节型分泌：又称诱导型分泌，见于某些特化的cell如分泌性cell。在这些cell中，调节型分泌小泡成群地聚集在CM下，只有在外部信号的触发下，质膜产生胞内信使后才和CM融合，分泌内容物。
调节型途径中形成的小泡称分泌泡，其形成机制不同于运输泡，调节型pass way有两特点：小泡形成具有选择性；具有浓缩作用，可使运输物质浓度提高200倍。
3、受体介导的内吞作用：
a.配体与膜受体结合形成一个小窝。
b.小窝逐渐向内凹陷，然后同CM脱离形成一个被膜小泡。
c.被膜小泡的外被很快解聚，形成无被小泡，即初级内体。
d.初级内体与深酶体融合，吞噬的物质被溶酶体的酶水解。
4、LDL经受体介导的内吞作用被吞入cell和被利用的过程：
LDL在CM的被膜小窝中与受体结合→小窝向内出芽→形成被膜小泡→网格蛋白去聚合形成无被小泡，即初级内体→内体调整PH至酸性，使LDL与受体脱离形成次级内体→受体被分拣出来，被载体小泡运回CM→通过膜融合，受体回到CM再利用→LDL被分选进入没有受体的小泡，与被次溶酶体融合形成次级溶酶体→在次级溶酶体中，protein降解成aa，胆固醇脂肪被水解。
氧化磷酸化偶联机制的化学渗透假说：
指电子传递链各组分在线粒体内膜中不对称分布，当高能电子沿其传递时所释放的能量次H+从基质泵到膜间隙，形成H+电化学梯度，在这个梯度驱使下，H+穿过ATP合成酶回到基质，同时合成ATP，电化学梯度蕴藏的能量储存到ATP高能磷酸链。
Chapter 7
1、线粒体：存在于细胞质内，由内外二层单位膜围成的囊状结构，内膜内凹陷形成线粒体嵴。嵴膜上有许多有柄小球体，即基粒，也称ATP酶复合体。内外膜之间的空隙称膜间隙，内膜以内的空隙的空隙为基质腔，充满着基质。
它为氧化磷酸化的关键装置，其内室为进行TcA循环的场所，为cell内能量转换系统，主要功能是产生ATP，提供生命活动所需要的能量。
2、半自主性细胞器：叶绿体、线粒体中即存在DNA（ctDNA，mtDNA），也有protein合成系统。但由于它们自身的遗传系统贮存信息很少，构建所需的信息大部分来处细胞核的DNA，所以它们的生物合成涉及到两个彼此分开的遗传系统。由于ctDNA，mtDNA信息太少，不能为自己全部的protein编码，所以它们只是一个半自主性细胞器，其遗传上由自身基因组和细胞核基因组共同控制，故称为半自主性细胞器。
3、叶绿体：由叶绿体膜，类囊体和基质三部分构成——
a.叶绿体膜由双层单位膜组成基主要成分为蛋白质和脂质；
b.类囊体是在叶绿体基质中，有许多由单位膜封闭形成的扁平小囊。在某些部位，许多圆饼状的类囊体叠置成垛，称基粒；
c.内膜与类囊体之间是流动性的基质，其中悬沲着片层系统。
4、内共生学说：认为线粒体和叶绿体分别起源于原始真核cell内共生的细菌和蓝藻。线粒体来源于细菌，即细菌被真核生物吞噬后，在长期共生过程中，通过演变，形成了线粒体。叶绿体来源于蓝藻，被原始真核cell摄入胞内，在共生关系中，形成了叶绿体。
证据：a.基因组大小，形态和结构方面与细菌相似；
b.有自己完整的蛋白质合成系统，能独立合成protein，且合成机制有很多类似细菌；
c.两层被膜有不同的进化源，外M与cell内膜系统相似，内M与细菌质M相似；
d.以分裂的方式进行繁殖，与细菌的繁殖方式相同；
e.能在异源cell内长期生存，说明线粒体和叶绿体具有的自主性和共同性的特征；
f.线粒体的祖先很可能来自反硝化融球菌或紫色非硫光合细菌；
g.发现介于胞内共生蓝藻与叶绿体之间的结构——蓝小体，其特征在很多方面可作为原始蓝藻向叶绿体演化的佐证。
不足之外：a.从进化角度：如此解释在代谢上明显占优势的共生体反而将大量的遗传信息，转移到宿主cell中，不能解释细胞核是如何进化来的，即原核cell如何演化为真核cell。b.线粒体和叶绿体的基因组中存在内含子，而真细菌原核生物基因组中不含有内含子，不能解释其内含子从何而来。
5、非共生起源学说：认为真核cell的前身是一个进上比较高等的好氧细菌，它比典型的原核cell大，这样就要逐渐增加呼吸作用的膜表面。开始是通过细菌CM的内陷，扩张和分化（形成的双层膜分别将基因组包围在其中），后形成了线粒体和叶绿体和cell核的雏形。
成功之处：解释了真核cell核被膜的形成与演化的渐进过程。
不足之处：实验证验不多；无法解释为何线粒体，叶绿体与细菌在DNA分子结构和protein合成性能上有那么多相似之处；对线粒体和叶绿体的DNA酶，RND酶和核糖体的来源也很难解释。
真核cell的细胞核能否起源于细菌的核区。
补充1：
线粒体外膜：（标志酶为单胺氧化酶）包围在线粒体最外面的一层单位膜，为线粒体界膜，厚约6nm，光滑而有弹性，构成成分protein和脂几乎相等，基上有孔蛋白，许多分子可自由通过，由于通透性高，使得膜间隙中物质几乎与胞质溶胶一样。脂质：蛋白质≈1：1。
线粒体内膜：（细胞色素氧化酶）位于外膜内侧包裹线粒体基质的一层单位膜结构，厚约6-8nm。内膜对物质的通透性很低，为线粒体行使正常功能提供了保证。物质进入要借助于膜上运输蛋白，分三类：运输酶类；合成酶类；电子传递和ATP合成酶类，脂质：蛋白质≈0.3：1。
膜间隙中标志酶为腺苷酸激酶，线粒体的基质为苹果酸激酶。
cell要点5
Chapter 6
1、分泌蛋白的运输过程：
a.核糖体阶段：包括分泌型蛋白质的合成和protein跨膜转送。
b.内质网运输阶段：包括分泌蛋白腔内运输，protein糖基化等粗加工和贮存。
c.细胞质基质运输阶段：分泌蛋白以小泡形式脱离粗面ER移向高尔基体，与其顺面膜表融合。
d.高尔基体复合体加工修饰阶段：分泌蛋白在Goli complex的扁平膜内进行加工，然后以大囊泡的形式进入细胞质基质。
e.细胞内腔阶段：大囊泡发育成分泌泡，向质膜移动，等待释放。
f.肚吐阶段：分泌泡与质膜融合，将分泌蛋白释放出胞外。
2、组成型分泌途径：运输小泡持续不断地从Golgi complex运送到CM，并立即进行膜融合，将分泌小泡中的protein释放到cell外，此过程不需要任何信号的触发，它存在于所有类型的cell中。
组成型分沁小泡称运输泡，由Golgi complex反面网络对组成型分泌蛋白的识别分选后形成的。
调节型分泌：又称诱导型分泌，见于某些特化的cell如分泌性cell。在这些cell中，调节型分泌小泡成群地聚集在CM下，只有在外部信号的触发下，质膜产生胞内信使后才和CM融合，分泌内容物。
调节型途径中形成的小泡称分泌泡，其形成机制不同于运输泡，调节型pass way有两特点：小泡形成具有选择性；具有浓缩作用，可使运输物质浓度提高200倍。
3、受体介导的内吞作用：
a.配体与膜受体结合形成一个小窝。
b.小窝逐渐向内凹陷，然后同CM脱离形成一个被膜小泡。
c.被膜小泡的外被很快解聚，形成无被小泡，即初级内体。
d.初级内体与深酶体融合，吞噬的物质被溶酶体的酶水解。
4、LDL经受体介导的内吞作用被吞入cell和被利用的过程：
LDL在CM的被膜小窝中与受体结合→小窝向内出芽→形成被膜小泡→网格蛋白去聚合形成无被小泡，即初级内体→内体调整PH至酸性，使LDL与受体脱离形成次级内体→受体被分拣出来，被载体小泡运回CM→通过膜融合，受体回到CM再利用→LDL被分选进入没有受体的小泡，与被次溶酶体融合形成次级溶酶体→在次级溶酶体中，protein降解成aa，胆固醇脂肪被水解。
氧化磷酸化偶联机制的化学渗透假说：
指电子传递链各组分在线粒体内膜中不对称分布，当高能电子沿其传递时所释放的能量次H+从基质泵到膜间隙，形成H+电化学梯度，在这个梯度驱使下，H+穿过ATP合成酶回到基质，同时合成ATP，电化学梯度蕴藏的能量储存到ATP高能磷酸链。
Chapter 7
1、线粒体：存在于细胞质内，由内外二层单位膜围成的囊状结构，内膜内凹陷形成线粒体嵴。嵴膜上有许多有柄小球体，即基粒，也称ATP酶复合体。内外膜之间的空隙称膜间隙，内膜以内的空隙的空隙为基质腔，充满着基质。
它为氧化磷酸化的关键装置，其内室为进行TcA循环的场所，为cell内能量转换系统，主要功能是产生ATP，提供生命活动所需要的能量。
2、半自主性细胞器：叶绿体、线粒体中即存在DNA（ctDNA，mtDNA），也有protein合成系统。但由于它们自身的遗传系统贮存信息很少，构建所需的信息大部分来处细胞核的DNA，所以它们的生物合成涉及到两个彼此分开的遗传系统。由于ctDNA，mtDNA信息太少，不能为自己全部的protein编码，所以它们只是一个半自主性细胞器，其遗传上由自身基因组和细胞核基因组共同控制，故称为半自主性细胞器。
3、叶绿体：由叶绿体膜，类囊体和基质三部分构成——
a.叶绿体膜由双层单位膜组成基主要成分为蛋白质和脂质；
b.类囊体是在叶绿体基质中，有许多由单位膜封闭形成的扁平小囊。在某些部位，许多圆饼状的类囊体叠置成垛，称基粒；
c.内膜与类囊体之间是流动性的基质，其中悬沲着片层系统。
4、内共生学说：认为线粒体和叶绿体分别起源于原始真核cell内共生的细菌和蓝藻。线粒体来源于细菌，即细菌被真核生物吞噬后，在长期共生过程中，通过演变，形成了线粒体。叶绿体来源于蓝藻，被原始真核cell摄入胞内，在共生关系中，形成了叶绿体。
证据：a.基因组大小，形态和结构方面与细菌相似；
b.有自己完整的蛋白质合成系统，能独立合成protein，且合成机制有很多类似细菌；
c.两层被膜有不同的进化源，外M与cell内膜系统相似，内M与细菌质M相似；
d.以分裂的方式进行繁殖，与细菌的繁殖方式相同；
e.能在异源cell内长期生存，说明线粒体和叶绿体具有的自主性和共同性的特征；
f.线粒体的祖先很可能来自反硝化融球菌或紫色非硫光合细菌；
g.发现介于胞内共生蓝藻与叶绿体之间的结构——蓝小体，其特征在很多方面可作为原始蓝藻向叶绿体演化的佐证。
不足之外：a.从进化角度：如此解释在代谢上明显占优势的共生体反而将大量的遗传信息，转移到宿主cell中，不能解释细胞核是如何进化来的，即原核cell如何演化为真核cell。b.线粒体和叶绿体的基因组中存在内含子，而真细菌原核生物基因组中不含有内含子，不能解释其内含子从何而来。
5、非共生起源学说：认为真核cell的前身是一个进上比较高等的好氧细菌，它比典型的原核cell大，这样就要逐渐增加呼吸作用的膜表面。开始是通过细菌CM的内陷，扩张和分化（形成的双层膜分别将基因组包围在其中），后形成了线粒体和叶绿体和cell核的雏形。
成功之处：解释了真核cell核被膜的形成与演化的渐进过程。
不足之处：实验证验不多；无法解释为何线粒体，叶绿体与细菌在DNA分子结构和protein合成性能上有那么多相似之处；对线粒体和叶绿体的DNA酶，RND酶和核糖体的来源也很难解释。
真核cell的细胞核能否起源于细菌的核区。
补充1：
线粒体外膜：（标志酶为单胺氧化酶）包围在线粒体最外面的一层单位膜，为线粒体界膜，厚约6nm，光滑而有弹性，构成成分protein和脂几乎相等，基上有孔蛋白，许多分子可自由通过，由于通透性高，使得膜间隙中物质几乎与胞质溶胶一样。脂质：蛋白质≈1：1。
线粒体内膜：（细胞色素氧化酶）位于外膜内侧包裹线粒体基质的一层单位膜结构，厚约6-8nm。内膜对物质的通透性很低，为线粒体行使正常功能提供了保证。物质进入要借助于膜上运输蛋白，分三类：运输酶类；合成酶类；电子传递和ATP合成酶类，脂质：蛋白质≈0.3：1。
膜间隙中标志酶为腺苷酸激酶，线粒体的基质为苹果酸激酶。
cell要点6
Chapter 8
1、无细胞核cell：高等plant韧皮部成熟筛管和哺乳动物成熟的红cell。
2、细胞核：主要由核被膜，染色体，核仁及核骨架组成，nucleus是遗传信息的贮存场所，在这里进行Gene复制转录和转录初产物的加工过程，从而控制cell的遗传和代谢活动。
外核膜常附有核糖体，有些部位与内质网相连，内核膜光滑，内表面有一核纤层，对内层核膜有支撑作用，内外膜间有一透明腔，称核周间隙，核孔由内外两层膜局部融合形成。
3、核孔复合物：指包括核孔及其相关联的环状结构体系。其结构相当复杂，是以一组protein颗粒以特定的方式排列形成的结构，可以从核膜上分离出来，称核孔复合物。包括内外核膜和环状颗粒等。中央为含水孔道，可见许5RD以下的小分子自由通过，分子量较大的物质则可通过核孔复合体进行运输。
4、亲核蛋白：在cell质基质中合成，进入核内执行功能的protein，其尾部含有一核定位序列，可指导亲核蛋白通过核孔复合体而进入核内。
6、核小体：染色质的基本结构单位，为核蛋白的结构体，由约200个碱基对的DNA片段和5种组蛋白结合而成，是染色质的基本结构单位。其核心是组蛋白八聚体，其中H3和H4各二分子缔合成四聚体位于中央，由H2A和H2B各二分子形成两个二聚体分别排在四聚体的两侧，DNA片段缠绕组蛋白八聚体1又 3/4周，形成核小体的核心颗粒，两个核心颗粒之间由典型的bp的连接DNA连接，H1位于DNA进出核心颗粒的结合处，锁住核小体DNA的进出端，起稳定核小体的作用。
7、核型：指体cell中在形态结构和遗传功能彼此不同而互相协调的全套染色体粒，也称染色体组型。组核：指染色体组在有丝分裂中期的表型，包括chromosome数目，大小，形态特征等。
11、核仁：是真核cell间期核内无包膜折射率较强的球形小体。由纤维中心，致密纤维中心，颗粒组分，核仁染色质，核仁基质组成。核仁是rRNA合成和加工以及核糖体亚单位的装配场所。
12、染色体：cell在有丝分裂时遗传物质存在的特定形式，是间期cell chromatin结构紧密包装的结果，可被碱性染料浓染的棒状结构。
14、染色体组：指配子中所含的染色体或Gene的总和，是P把各种生物为保持其生活机能协调而不可或缺的一组染色体称作一个染色体组。
15、巨大染色体：比普通chromosome显著巨大的chromosome的总称，包括双翅目昆虫幼虫组织cell内的多线染色体和某些动物的卵母cell和果蝇的精母cell内的灯刷染色体。
a.染色单体反复纵裂而形成许多线状染色单体，它们彼此不分离，并行排列且同源染色体间配对，紧密结合形成体积很大的多线chromosome。
b.灯刷染色体：为卵母cell进行减数分裂时停留在双线期的染色体，为一个二价体，有四条染色单体，沿染色体的主轴侧面有许多环状突出物，整染色好似灯刷一样，故称灯刷染色体。
16、染色体：
a.着丝粒：在初级缢痕处两条染色单体相连处的中央部位，即主缢痕的内部结构。
动粒：在初级缢痕处两条染色单体的外侧表层部位的特殊结构，又称着丝点。
b.次缢痕：除主缢痕外，在chromosome上其他的浅染缢缩部位，此处部分DNA松懈，可形成核仁组织区。
c.核仁组织区：是细胞核特定chr的次缢痕处，含有rRNA基因的一段染色体区域，与核仁的形成有关。
d.随体：位于chr末端的球形染色体片段，通过次缢痕区与chr主体部分相连，可分为端随体。
e.端粒：为染色体的两个末端特化部位，位于真核生物染色体两臂端的特殊染色粒，亦称末端染色粒。
17、常染色质：指间期核内染色质纤维压缩程度低，处于伸展状态，用碱性染粒色时着色浅的那些染色质。
18、异染色质：指间期核内，染色质纤维压缩程度高，处于聚缩状态的染公质组分，碱性染色体染色较深的组分，分结构和兼性异染色质。
19、活性染色质：指具有转录活性的染色质，由于其核小体构型发生构象变化，往往具有疏构的染色质结构，从而便于转录调控因子和顺式调控元件的结合和RNA聚合酶在转录模板上的滑动。
20、DNaseI超敏感位点：对染色质进行低DNaseI处理，切割将先发生在少数特异性位点上，这些特异性位点叫做DNaseI超敏感位点，实际上是一段长100-200bp的DNA序列特异暴露的染色质区域，富含HMG14，HMG17蛋白。
21、基因座控制区：LCR为chrDNA上一种顺式作用元件，具有稳定染色质疏松结构的功能。
22、隔离子：能防止处于阻抑状态与活化状态的染色质结构域之间的结构特点向两侧扩展的染色质DNA序列，表明基因表达有位置效应。
23、反式作用因子：为一种蛋白或激素复合物，既能与合成自身DNA上的调控序列结合起作用，也能与不同DNA上的调控序列结合，调节不同的基因表达。
24、顺式作用元件：DNA上的一种序列，本身不编码protein，仅仅提供一个作用位点，参与基因表达的调控，常与特殊的protein编码区连在一起，通过与反式作用因子相互作用而调节基因的表达。
25、染色体DNA的三种功能元件：
a.自主复制DNA序列：DNA复制的起点确保chr在细胞膜周期中能够自我复制，为顺式作用元件的一种，从而保护chr在世代传递中具有稳定性和连续性。
b.着丝粒DNA序列：与染色体的分离有关，是两个相邻的核心区，80-90bpAT区和11bp保守区，确保chr在cell分裂时能被平均分配到两个cell中去。
c.端粒DNA序列：真核cell染色体端粒DNA序列是由端粒酶合成后添加到染色体末端，保证染色体的独立性和遗传稳定性。
26、入核信号又称核定位信号：为一种形式的信号肽，可位于多肽序列的任何部位，可帮助亲核蛋白进入细胞核，与导肽区别为：a.由含水的核孔通道来鉴别；b.入核信号是protein的永久部分，在引导入核过程中，并不被切除，可以反复使用，有利于细胞分裂后核蛋白重新入核。
27、核仁：
a.纤维中心Fc：RNA基因的储存位点。
b.致密纤维中心：转录在Fc和DFC交界处发生，并在此进行初加工。
c.颗粒成分：为核仁的主要结构，由核糖糖蛋白（RNP）颗粒构成。为正在加工成熟的核糖体亚单位前体颗粒。
d.核仁相随染色质：分核仁周边染色质和核仁内染色质。
e.核仁基质：无定形的蛋白质性质的液体基质。
28、染色质分类：按形态结构和染色性能分：常和异染色体，异染色体又分为结构性和兼性染色质。按染色体的活性分活性和非活性染色质。
29、从DNA至染色体的包装过程——染色体包装的多级螺旋模型：
一级结构核小体，二级结构螺线管，三级结构超螺线管，四级结构染色单体。
DNA 核小体 螺线管 超螺线管 染色单体
30、分子伴侣：由不相关的protein组成的一个家系，它们介导其它protein的正确装配，但自己不成为最后功能结构的组分。
31、核孔复合体蛋白：结构性跨膜蛋白gp210
功能性核孔复合体蛋白p62
32、细胞核：核被膜、似液态的核质、核仁、核基质、DNA纤维——
作用：a.为遗传信息的主要贮存库载有全部基因组。b.细胞核是DNA复制和DNA转录场所。
33、核被膜功能：
a.构成核、质之间的天然选择性屏障；
b.避免生命活动的彼此干扰；
c.保护DNA不受细胞骨架运动所产生的机械力的损伤；
d.核质之间的物质交换，与信息交流。
34、非组蛋白又称序列特异性DNA结合蛋白：主要是指chr上与特异DNA序列相结合的protein，特性：具多样性和异质性；对DNA具有识别特异性；具有基因表达的调控和染质质高级结构的形成等功能。
35、序列特异DNA结合蛋白的结构模式：
a.HTH：αβα模式——α螺旋—转角—α螺旋模式
b.锌指模式：TFⅢA——负责5sRNA，tRNA和部分snRNA基因转录的DNA聚合酶Ⅲ所必需的转录因子，合344个aa，9个有规律的锌脂重复单位。每个单位30个aa，一对Cys和His与2n2+形成配位键，每个锌脂单位是一个DNA结合结构域，每个单位C端为α螺纹，N端含两个β折叠。
c.亮氨酸拉链模式：ZIP。
d.螺旋—环—螺旋结构模式。
e.HMG框结构模式。
36、放射环结构模型：30nm的螺线管折叠成环，沿染色体纵轴，由中央向四周伸出，构成放射环，而染色体骨架主要是由非组蛋白组成，起着帮助染色体折叠的作用。
