生态学专业于2006年开始招收硕士研究生。目前已经招生4届硕士生，培养毕业硕士26人。现有硕士生导师9人，其中四川省学术与技术带头人2人，四川省学术与技术后备人选4人。主要研究方向有植物生态、恢复生态，生态工程、污染生态、土壤生态与全球变化等。近年来，针对长江上游生态屏障建设和汶川地震灾后重建任务，承担国家科技支撑项目、国家自然科学基金、部省级重点林业科技攻关等项目10余项，获得国家科技进步二等奖1项，四川省科技进步一等奖2项，三等奖3项。