微生物与生化药学属药学学科，该学科为十二五重庆市重点学科，学科点以心脑血管病、病毒病、免疫性疾病、糖尿病、恶性肿瘤等重大疾病为目标的新药创制为主要研究对象，形成了五个具有特色的研究方向：药物分子设计与合成、天然药物化学、基因工程药物和疫苗与诊断技术、制药工程新技术。艾滋病多肽长效药物研究处于世界领先水平；抗肿瘤药物候选药物（重组融合凋亡蛋白）、重组水蛭素、重组白细胞抑制因子等基因工程药物研究处于国内领先水平；药物分子设计、地方品种药材的新药研究及癌症早期诊断技术等方面也形成明显特色和区域优势。

本学科具有2个创新药物研究团队：药物分子设计（重庆市市级创新团队），生物技术制药（校级创新团队）。现有专任教师30人，其中教授9人，副教授11人，博士17人，博士学位教师比例53%；学科队伍具有国家千人计划特聘专家、教育部新世纪优秀人才、重庆市有突出贡献中青年专家、新药评审专家、重庆市学科评议组委员、科技部科技特派员和重庆市科技顾问团成员等，形成了结构合理的新药研发团队。学科点建有“重庆市现代中药制药工程技术研究中心”省部级工程中心1个，2个产业化示范基地，1个校企联合实验室，与10余家制药企业有技术和人才培养合作关系，具备了较完善的人才培养条件。

学科点致力于国家和地方战略性新兴产业生物医药领域知识与技术创新，近年承担国家863、国家自然科学基金、国家重大科技攻关、国家新药基金、国际合作、重庆市重大科技攻关和企业合作项目90项，其中，国家与省部级重大新药创制课题12项，近三年科研经费达2684万，在国内外核心期刊发表论文300多篇，SCI、EI收录论文80余篇，发明专利20多项，获省部级科技成果奖8项；其中科技进步一等成果奖2项，二等成果奖4项，三等成果2项。获得新药证书和临床批件的新药近10种；形成了以新药创制为特色和优势的微生物与生化药学学科。

本学科点致力于培养德、智、体全面发展，系统掌握药物设计与合成、基因工程药物、天然产物药物、疫苗与诊断技术、制药工程新技术等新药研究的基础理论和研究方法，擅长新药研制与开发，熟悉药物的安全评价与质量标准，了解新药研究的报批，具有严谨的药物研究科学态度和独立从事新药研究的科学研究能力的硕士生，能够在医药卫生、制药企业、教育和生物技术等领域从事研发、药事管理、药物质量控制及营销管理工作。

主要课程设置：生物化学与分子生物学、药物微生物学、药学专论、药物新剂型与新技术、新药研究方法、药物设计学、细胞工程技术、免疫学实验技术、分子生物学实验技术、药物质量控制技术等。