有机化学专业是我校较早招收硕士研究生的专业之一，1998年获得硕士学位授予权，1999年正式招生，有机化学学科为江苏省“十一五”重点学科。现有博士生导师2人，硕士生导师12人。有机化学硕士点注重学生创新能力的培养，能够跟踪学术前沿，关注有机化学研究中的热点问题，在学科前沿开展工作。毕业的研究生中，大多数考取了南京大学、中国科技大学、中国协和医科大学、上海交通大学、复旦大学等国内著名大学和中科院等科研研究所的博士研究生。已有5篇研究生的毕业论文被评为江苏省优秀硕士论文。