生态学学科于2000年（第八批）获得硕士学位授予权。该学科原于1982年创建于吉林农业大学的“野生植物资源开发与利用”本科专业。目前主要研究方向有：植物生态学、菌物生态学、土壤生态学和旅游生态学。

该学科以研究野生资源植物种群更新机理及其资源可持续利用、生态因子对资源植物质量形成的影响机制与调控、濒危野生资源植物保护管理与生态恢复等为特色。另外，生态学学科与菌物学学科交叉形成了菌物生态学研究方向，主要研究菌物区系生态、菌物多样性和作物病原菌生态；与土壤学学科交叉形成了土壤生态学方向，主要研究黑土退化生态机理、盐碱土生态改良和农田生态系统过程；与旅游学学科交叉形成了旅游生态学方向，主要研究生态旅游资源及其评价、生态旅游景区的规划设计。

目前，学科有教师18人，其中，教授6人，副教授5人，讲师4人，助教3人，分别占33%、28%、22%和17%；跨学科教师5人，占28%；教师中具有硕士以上学历的占94%，其中博士学历8人，硕士学历9人，本科1人；有硕士生导师10人，其中4人分别在药用植物学、植物病理学、菌类作物学和土壤学学科担任博士研究生导师。2002年以来，已培养硕士研究生21名，考取博士研究生8名，目前在校硕士研究生39名。

近年来，学科先后承担“973”国家重点基础研究项目课题，国家“十一五”支撑计划项目，国家科技攻关计划项目、国家自然科学基金重大、重点和一般项目，农业部科技攻关项目，吉林省科技发展重大、重点和一般项目，国家重点实验室开放基金项目等30余项，获吉林省科技进步一等奖3项、二等奖3项、三等奖2项，国家教育部科技进步二等奖1项，国家农业部科技成果一等奖1项，其它成果奖3项。

学科设有“省部共建国家重点实验室培养基地——吉林省生态恢复与生态系统管理重点实验室”，下设植物生理与分子生态实验室、植物资源与化学生态实验室、菌物生态与生物多样性实验室、农田与土壤生态实验室和生态环境综合测试分析实验室。该实验室拥有较先进的仪器设备，主要有高效液相色谱、气象色谱、低压液相色谱、逆流色谱、原子吸收、元素分析仪、红外光谱、Bilog自动微生物鉴定系统、微波消解与提取系统、全自动数码凝胶图像分析系统、微颗粒测定仪、Buchi熔点测定仪、氧弹式热量测定仪、凯氏定氮仪、纤维素测定仪、脂肪测定仪、液相氧电极仪、PCR仪、LCi便携式光合仪、TPS-1光合作用测定仪、土壤剖面水分速测仪 、茎流仪、植物水势仪、动态气孔仪、叶绿素荧光仪、叶面积仪，以及各种便携式生态环境因子测定仪器等。