黑龙江中医药大学中药化学学科创建于1972年，1991年获硕士学位授予权， 1993年成为省级重点学科。1998年，因国家学科目录调整，以本学科牵头与其他学科组建中药学一级学科，并被确定为省重点学科至今。2006年被评为省优秀重点学科，2007年成为国家一级学科重点学科。2000年获博士学位授予权，2003年设立博士后流动站，2006年以中药化学学科为主要组成的研究生导师团队被授予省优秀研究生导师团队称号，中药化学学科牵头的学科群成为省重点学科群。2008年，中药化学教学团队成为国家级教学团队。

本学科带头人为匡海学教授。

经过几代人的努力，本学科研究方向稳定，学术思想活跃，研究成果显著，学科建设经验丰富，发展前景良好，在人才培养、队伍建设、科学研究、服务社会等工作中均取得了显著的成绩，综合实力位于全国同类学科的前列，成为中药化学高层次人才培养基地和科学研究基地。