学校学位与研究生教育工作起步早、发展快、基础实。20世纪60年代开始参与培养研究生，1978年恢复招收研究生，1981年经国务院学位委员会批准成为首批具有硕士学位授予权的大学，1993年获得博士学位授予权。形成了多学科协调发展的办学格局和“学士—硕士—博士”完整的人才培养体系。学校于1984年成立研究生科，1993年成立研究生处，2003年成立研究生教育学院，2005年设立研究生工作部，2012年成立研究生院。现有21个一级学科博士学位授权点，34个一级学科硕士学位授权点，19个硕士专业学位授权点，涉及9个学科门类;博士研究生指导教师295人，硕士研究生指导教师1635人(含校外兼职导师)，国务院学位委员会学科评议组成员3人，专业学位研究生教育指导委员会委员2人;已培养了1450名博士研究生和31800多名硕士研究生;目前，共有在校研究生9288人(含港澳台和国际留学研究生)，其中博士生907人，硕士生8381人。
研究生培养成效显著，获全国优秀博士学位论文3篇，省级优学位论文年均40篇左右。现有2个全国教育硕士专业学位研究生联合培养示范基地，3个福建省专业学位研究生联合培养示范基地，17个福建省研究生教育创新基地，93个校级研究生人才培养基地。1个研究生层次中外合作办学项目，2个国家级创新型人才国际合作培养项目获国家留学基金管理委员会资助，索莱达学院面向菲律宾招收优秀本科毕业生来华攻读硕士学位。研究生教学成果丰硕，21个教学案例被中国专业学位教学案例中心收录，获7项省级以上研究生教学成果奖，其中全国教育硕士专业学位教学成果奖一等奖1项，省高等教育教学成果奖5项。近三年，研究生以第一作者在Nature Communications等学术期刊上发表论文5700多篇，获授权专利235项;研究生参加省级以上各类竞赛获奖493项，其中国家级155项，省级338项;3支研究生团队分别获中国“互联网+大学生创新创业大赛”金奖、“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛金奖、“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛特等奖。
研究生院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的教育方针，坚持“四为”方针，以“立德树人、服务需求、提高质量、追求卓越”为主线，坚定走内涵式发展道路，全面实施新时代研究生教育改革创新，推进研究生教育治理体系和治理能力现代化，切实提升高层次创新人才培养质量，为实现“加快建成富有鲜明特色的综合性全国一流大学”的奋斗目标而不懈奋斗，为奋力谱写全面建设社会主义现代化国家福建篇章和实现中华民族伟大复兴的中国梦提供坚强有力的人才和智力支撑。
(以上数据截至2021年9月)
