本学科建于1979年，1981年获硕士学位授予权。1990年获博士学位授予权。1998年建成博士后流动站。1999年成立了Bio-X研究中心（X：物理、电子、材料、控制、计算机、力学、纳米、光学、声学、机械、化学等）。2001年被评上国家重点学科。
本学科现有教师29人，其中院士1人，长江计划特聘教授3人，获国家杰出青年基金者2人，博士生导师10人。有博士学位的教师20人，占总教师数69％。目前主要研究领域有生物电子学、纳米生物医学工程、医学图像处理、医学超声、医学信号处理、生物信息学、激光与光子生物学，神经生理学。本学科现有项目26项(2002年)，近三年总经费可超过2700万元。其中国家级项目12项，省部级项目10项，纵向经费900余万元。
近三年，本科招生录取分数的最低分数线一直位于上海市前三位。研究生人均发表论文三篇以上。博士生张绪省获2000年度全国优秀博士论文奖。2003年亚太地区生物医学工程年会将由上海交大组织。2005年世界生物医学工程年会将在上海召开。这是首次在中国召开的在生物医学界最有影响的年会。
一、培养目标
培养具有在生物、医学、工程开展交叉研究的有创新能力的基础研究和应用研究的高级人才，能熟悉应用工程技术解决生命科学和医学中的问题，适合于到科研单位和高校作应用研究和到企业开发新产品的高级专门人才。
对工程硕士的培养，以生物学、医学、电子信息、计算机、材料学、管理学等学科为基础，掌握坚实的生物医学工程基础理论和宽广的专门知识，具有较强的创新能力和新技术、新材料、新工艺、新产品等研发能力，成为具备现代管理知识，面向医院管理、远程医疗、医疗器械、社区健康保健等领域的高层次工程及管理人才。
二、主要研究方向
1. 生物医学信号检测与处理（脑电、心电、肌电）
2. 医学成像与生物医学图像处理
3. 医学传感器和超声电子学
4. 生物医学智能仪器
5. 神经精神疾病的基因定位及数据库
6. 单分子生物技术及纳米操纵
7. 纳米药物输送新技术及抗癌病毒系统
8. 激光与光子生物学机理研究
9. 神经生理学的基础研究
10. 用物理方法治疗肿瘤及癌症
11. 重大疾病基因组学
12. 隔离人群的基础遗传学研究
13. 远程医疗
14. 声致发光
三、学制和学分
工程硕士研究生学制为二年半；总学分≥32，其中学位课学分≥19。半脱产硕士研究生经申请批准其学习年限可延长半年至一年。
四、专业课程设置
课程类别 课程编号 课 程 名 称 学分
学位 网络与可扩展并行计算 3.0
学位 F03414 信号处理 3.0
学位 计算机在生命科学中的应用 2.0
学位 微机原理及应用 3.0
学位 医学仪器 3.0
学位 三维图象处理与体视化 2.0
学位 F08005 生物医学传感器 3.0
学位 F08012 生物医学超声学 3.0
学位 F08013 医学图像处理 3.0
学位 医院信息系统 3.0
学位 生命系统建模 3.0
学位 嵌入式系统 3.0