将目的基因准确地与载体衔接，如果是融合蛋白，则可以用三种不同阅读框架的载体使目的基因与载体序列吻合。

2.被表达的基因是原核基因还是真核基因。原核基因一般都带有核糖体结合位点，只需要考虑它是否带有强启动子。对真核基因除考虑基因是否带有强启动子、核糖体结合位点外，还需要考虑该基因是否会产生翻译后加工，以后是否需要转到真核摆到系统中表达等，

3.表达蛋白是否分泌到体外，如需要分泌，则必须带有信号肽序列，故应选择带有适当信号肽序列的载体。信号肽又称前导肽，这是一种位于分泌蛋白质或输出蛋白质N端上长约15-30个氨基酸的序列，可被细胞的蛋白质加工机制所识别，使蛋白质通过细胞膜被分泌出来。

4.所产生的融合蛋白是否需要切割加工及如何切割加工，对需要切割的融合蛋白在目的基因和载体序列间应有适当的切割识别序列。

5.是否需要用强启动子提高表达水平。当需要提高表达水平时，可选用强启动子。但在某些些情况下，由于被表达蛋白质对宿主有毒或其大量表达对宿主不利，可选用诱导型载体，只有经过诱导以后，蛋白质才能被表达。