1. 烈性噬菌体与温和性噬菌体：烈性噬菌体是指在感染宿主细胞时能够在短时间内完成吸附、侵入、脱壳、合成、装配与释放5个阶段而实现其繁殖的噬菌体。侵入宿主细胞后，其基因组整合到宿主细胞的基因组上，并随着后者的复制而同步复制的噬菌体称为温和噬菌体。区别特点:烈性噬菌体侵入宿主细胞后一般会立即复制繁殖引起宿主的裂解死亡，而温和噬菌体因将其基因组整合到了宿主细胞的基因组中，其表达受到暂时性的抑制，所以不会引起宿主细胞的裂解死亡，但在一定的诱导条件下会被释放出来。
2. 基本培养基与完全培养基：基本培养基是仅能满足某野生型菌株生长所需要的最低成分的组合培养基；完全培养基是指能满足一切营养缺陷型菌株营养要求的天然或半组合培养基。在基本培养基中补加各种营养物质即可成为完全培养基。基本培养基中不含生长因子。
3. 硝化作用与反硝化作用：硝化作用是硝化细菌在好氧条件下将氨氧化成硝酸盐的过程。反硝化作用是反硝化细菌利用硝酸盐作为呼吸链的最终氢受体，把硝酸盐还原成亚硝酸、NO、N2O直至转变为氮气的过程。硝化作用与反硝化作用是氮素循环的两个相反的过程，是氮素循环中两种重要作用形式。
4. 初级代谢与次级代谢：初级代谢是微生物通过分解代谢和合成代谢，生成维持生命活动所必需的物质和能量的过程。次级代谢是以初级代谢产物为前体，合成对微生物无明确功能的物质的过程。区别:初级代谢与次级代谢是微生物代谢活动中相互影响的二个过程，初级代谢的关键性中间产物往往是次级代谢的前体。次级代谢一般发生在菌体指数生长后期或稳定期，会受到环境条件的影响，某些催化次级代谢的酶专一性不高，大多数跟质粒有关。初级代谢跟微生物的生命活动密切相关。
5. 恒化器连续培养与恒浊器连续培养：恒化器连续培养是指在整个培养过程中通过保持培养基中某种营养物质浓度基本恒定而使细菌生长连续进行的培养方法。恒浊器连续培养是指通过连续培养装置中的光电系统保持培养基中菌体浓度恒定的连续培养方法。
6. 包涵体与伴孢晶体：包涵体是指当外源蛋白在大肠杆菌中高水平表达时，在细胞质内常常积聚大量的难溶的、非正确折叠的无活性外源蛋白聚集体。伴孢晶体是少数芽孢杆菌(如苏云金芽孢杆菌)，在其形成芽孢同时，在芽孢旁形成一颗菱形或双锥形的碱溶性蛋白晶体。伴孢晶体对昆虫有毒杀作用。
7. 遗传转化与转导：遗传转化是同源或异源的游离DNA分子（质粒和染色体DNA）被自然或人工感受态细胞摄取，并得到表达的水平方向的基因转移过程。转导是由病毒介导把供体细胞中的小片段DNA携带到受体细胞中，通过交换整合使后者获得前者部分遗传性状的现象。遗传转化无需病毒介导且受体细胞必须处于感受态，转导分为普遍性转导和局限性转导。
8. 类病毒与朊病毒：类病毒是指一类没有蛋白质外壳的裸露的侵染性RNA分子。朊病毒又称“普利昂”或蛋白侵染子，是一类不含核酸的侵染性蛋白质分子。类病毒为单链环状RNA分子，朊病毒实质是蛋白质，它能引起宿主体内的同类蛋白质分子发生与其相似的感应性构象变化而致病。
9. 菌落与菌株：分散的微生物在适宜的固体培养基表面或内部生长繁殖到一定程度形成肉眼可见的具有一定形态结构的子细胞生长群体即为菌落。菌株是指从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物。菌落不一定是纯培养物，有可能是多种菌种混合的个体群。
10. 局限性转导与普遍性转导：局限性转导是通过部分缺陷的温和噬菌体把供体菌的少数特定基因携带到受体菌中，并与后者的基因组整合、重组，形成局限转导子的现象。普遍性转导是通过极少数完全缺陷噬菌体对供体菌基因组上任何小片段DNA进行“误包”，而将其遗传性状传递给受体菌的现象。主要区别在于:1.局限性转导中被转导的基因共价的与噬菌体DNA连接，与噬菌体DNA一起进行复制、包装以及被导入受体细胞中；2.局限性转导颗粒携带特殊的染色体片段并将固定的个别基因导入受体。
11. 灭菌与消毒：利用强烈的理化条件（如高温、高压等）杀死物体内外包括芽孢在内的所有微生物的措施称为灭菌。消毒是利用某种方法（条件通常温和）杀死或灭活物体表面或内部一部分对人体或动物、植物有害的病原菌的措施。灭菌后的物体不存在活的微生物，消毒对芽孢没有杀灭作用，且对消毒对象基本无害。
12. 微生物种群与群落：微生物种群是指生活在一定空间内具有相似特性的同种微生物个体群；群落是在一定区域或一定生态环境内，各种生物种群构成的一个生态学结构单位。种群是组成群落的基本组分。
13. 类病毒与卫星病毒：类病毒是一类不具有蛋白质外壳、裸露的侵染性的RNA。卫星病毒是寄生于与之无关的辅助病毒的基因产物的病毒。卫星病毒的基因组是缺陷的，是自然界中一种绝对缺损病毒，必须依赖于辅助病毒才能复制。
14. 芽孢与孢子：芽胞是细菌生长发育后期形成一个圆形或椭圆形的、具有强抗逆性的休眠体。孢子是真菌通过有性生殖和无性生殖而形成的生殖细胞。区别：功能上，芽胞为抗逆性的休眠体，孢子为繁殖功能的生殖细胞；产生部位和数量，芽胞只在细胞内形成，且一个细胞只产生一个；孢子可在细胞内或外形成，而且1条菌丝或1个细胞可产生多个。
15. 反义RNA与RNA干扰：反义RNA是含有能与另一“靶”RNA互补结合的碱基序列的RNA，它具有调节基因表达的功能。或指可与mRNA或有义DNA链互补导致正常翻译终止的RNA分子。在原核生物中是调节基因表达的一种天然机制，调节作用主要在翻译水平，也包括少数在转录或DNA复制前引物加工水平。RNA干扰是指在进化过程中高度保守的，由双链RNA诱发的，同源mRNA高效特异性降解的现象，它是正常生物体内抑制特定基因表达的一种现象，是基因转录后沉默的一种方式。
16. 变种与生理小种：变种又称亚种，是当某一种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足以区分为新种的更小的分类单位。生理小种是指同种病原体内的不同种群在形态上没有什么差异，但在生理生化特征、培养性状、致病性等方面存在差异的生物型或生物型群。
17. 分子系统发育树与三域学说：分子系统发育树又称分子系统树，是通过比较生物大分子序列差异的数值而构建的系统树。三域学说是美国伊利诺斯大学的伍斯等人通过对大量生物的16S和18S rRNA的寡核苷酸序列测序，并比较其同源性水平，将生物界分为细菌域、古生菌域和真核生物域的学说。三域学说是分子系统发育树的具体应用。