自然的合目的性包括两个方面，一是“形式的合目的性”，一是“质料的合目的性”，亦即主观的合目的性和客观的合目的性，前者是自然合目的性的美学表象，后者是自然合目的性的逻辑表象。因此《判断力批判》相应地分为两大部分：“审美判断力批判”和“目的论判断力批判”。
（二）美学
“审美判断力批判”研究的是“主观目的性”亦即自然在形式上的合目的性，由此，康德建立了一套美学体系，并且对后世产生了深远的影响，甚至可以说从他开始美学才真正成为一门独立的学科。然而令人感到惊异的是，康德在美学上的贡献似乎与他本人的审美经验无关，而完全是纯粹理论思辨的结果。实际上，康德研究美学问题并不是出于对美学的爱好，而是完全出于其哲学理论的需要。
在美学史上，康德是主张美的本质是主观的而且是纯粹形式的这一派的重要代表。对康德来说，审美判断与科学知识的逻辑判断不同，它基于美感而不是认识的概念或范畴。逻辑判断形成于概念范畴对于经验质料的综合统一，离开了对象给予我们的经验质料就不能构成一个逻辑判断，而审美判断所关涉的则是主体对于事物的纯粹形式的把握，与被把握的对象没有直接的关系。换言之，一个事物被称为美的，并不在于事物本身的性质，而是因为它符合了主体的某种形式，从而引起了主观上愉快的美感。 当然，审美判断虽与概念无关，但由于其纯粹的形式亦具有某种普遍性。
那么，事物究竟在什么样的主观条件下才是美的呢？与“规定的判断力”的四组范畴相应，康德从质、量、关系和样式四个方面对美感进行了分析。
首先从“质”的方面看，美是无利害无功利的。如果一个事物满足了我的功利需要，这个事物与我就有了某种利害关系。而美感则与事物本身无关，一个审美判断只要夹杂一点儿利害关系就会有所偏爱而不是纯粹的欣赏了。因此美感与感觉快感和道德快感不同，后两者皆由对象的性质所决定，美感则不受对象性质的限制，完全是主观形式上的满足，因而是一种“自由的愉快”。
其次就“量”而言，美是一种没有概念的普遍性。概念的对象是普遍性，而审美判断则与感觉快感一样以单个具体的事物为对象，所以一切审美判断都是单称判断。但是审美判断又不同于感觉快感而要求普遍的赞同，这种普遍性并非来自概念，否则它就是逻辑判断而不是审美判断了，而是源于人人共通的“心意状态”。
第三从“关系”上看，美是没有目的的目的性。审美判断与其对象之间没有利害功利的关系，因而没有客观的目的。但是审美对象又的确符合了我们的主观意愿或目的，所以从主观的合目的性来看，它又是有目的的。这就是说，审美判断在内容上是无目的的，而在形式上却是符合目的的。因此美乃是单纯形式上的合目的性－－无目的的合目的性。
最后从“样式”上看，美是没有概念的必然性。美的形象与美感之间有着某种必然的联系，只要我们面对一个美的形象就必然会产生审美的快感。显然，这种美感的必然性不是从逻辑上分析出来的概念必然性，也不是要求我们应该做什么的道德必然性，而是来自某种“共通感”的形式上的必然性。
康德对美的分析表明，美是纯粹形式的因而是先天的主观合目的性。一个对象既可以是认识的对象，同时也可以是审美的对象。作为认识的对象，事物服从于知性之必然的自然法则，而作为审美的对象，事物对我们来说是美的实际上与事物本身的性质无关，而仅仅是因为它符合了主观的目的性。因此，美感一方面的确是对自然的静观，但是由于它只是出于主观的形式而不受感官对象的限制，所以是一种对自然的无涉功利的自由观照，从而使它成为对于机械性之自然的必然性的认识，与对于实践目的性之自由的自觉之间的中间环节。
当然，审美判断毕竟只是主观的合目的性，如果我们试图将自然与自由这两大领域统一起来，仅仅有主观上的合目的性是不够的，我们还必须说明自然不仅在形式上符合主观的形式，而且在“质料”上其自身就具有客观的合目的性，这就构成了“目的论判断力批判”的主题。
（三）目的论
自然在客观上的合目的性不能是“外在的目的”而只能是“内在的目的”。因为外在的合目的性所说明的只是事物之间的外在关系：在自然中一个事物的存在是另一个事物达到其目的的手段。以海洋、沙土与松树之间的关系为例。从外在的合目的性来看，海洋的退缩似乎以沙土面积的扩大为目的，而沙土面积的扩大又以松树的生长繁衍为目的。但是实际上任何一方都没有资格作为一个“终极原因”而充当真正的目的，这种所谓目的与手段之间的外在关系只不过是机械因果性的另一种表达方式而已。假如我们不想陷入目的与手段之间无穷无尽的推演，通常只有一个办法，那就是以某种超自然的存在亦即上帝来说明自然的目的性，然而这样的目的就变成了神学目的论而不是自然目的论了，而且也超越了我们的认识能力的界限。因此，如果我们把一个自然事物看作是目的，那就必须满足这样的条件，即这个事物所由之而起源的因果作用不是来自外在的机械作用而是由它自身的原因所决定的，而且这种原因的活动能力是由其概念预先规定的，唯其如此这个事物才称得上是一个目的。这就是说，一个能够当作目的看的事物一定是自己规定自己的内在目的。这种内在目的乃是一种不同于机械因果关系的特殊因果关系，因为在这里原因与结果不是分离的两个事物而是内在地结合于一个事物之中，或者说一个事物同时既是自己的原因又是自己的结果，亦即“自因”。
那么，在自然中，究竟有没有这样的内在目的呢？显然，我们在自然中所能证明其存在的只有机械的因果规律，不过也的确存在着一种仅仅用机械因果关系无法说明而必须视之为自然目的的事物，这就是“有机体”。虽然在自然中有机体的存在只不过是一个特例，但是仅仅为了说明它的存在我们就必须引入目的概念，这就为自然的合目的性原理提供了客观的基础。因为我们只有将整个自然亦看作是一个有机体或目的系统，才能合理地说明有机体这个自然的特殊产物的存在必然性。至于机械因果性原理与目的性原理之间的矛盾，只要我们将规定的判断力与反思的判断力区别开，认识到合目的性原理不是认识的“构成性原理”，而只是我们看待自然的一种“调整性原理”，那就可以得到合理的解决。
然而，自然的合目的性原理毕竟只能用来解释自然中的事物，当我们把自然看作是一个目的系统而追问它的最高目的是什么的时候，这就超出了自然的界限而关涉到某种超自然的原因，因而不是自然目的论所能说明的了，康德为此提出了一种“道德目的论”来解决问题。
显然，如果我们把自然看作是一个从低到高的目的系统，那么我们不仅可以追问存在于其中的事物是为了什么目的而存在的问题，而且也一定会进一步追问自然这个目的系统本身的目的亦即自然的“最高目的（letzter Zweck）”是什么的问题。自然的“最高目的”应该是自然中的一切事物都为之而存在的目的，而且是自然目的系统的顶点，这个“最高目的”只能是人。因为在自然界之中人与众不同，他可以形成目的概念，以其理性将一切有目的的东西构成为一个目的体系，并且使它们从属于他的目的之下。那么，这个最高目的在人身上又体现在什么地方呢？在康德看来，自然的最高目的就是人的文化。人这种理性存在具有一种对于各种目的的普遍“适宜性（Tauglichkeit）”，他可以使自己适合任何目的，利用它们为自己服务，而人对于任意目的的适宜性亦即自由的产物就是文化。换言之，文化是人自由地运用一切自然目的的能力的产物，它是人的主观形式在客观世界中的实现。因此，人的文化是自然的最高目的，亦是自然这个目的系统进化的最高层次，自然就在人的文化之中得到了充分的自我实现。
尽管文化作为自然的最高目的仍然属于自然的范畴，但是它毕竟是自然与自由相互结合的产物，所以构成了从自然向自由过渡的桥梁。不过问题到此还没有结束，因为我们不仅要追问自然是为了什么目的而存在的（最高目的），而且还必须追问这个最高目的又是为了什么目的而存在的，如果我们不想无休止地追问下去，那就必须为自然的最高目的确立一个自身就是目的的目的，这就是创造的“终极目的（Endzweck）”，唯其如此，我们才能使自然这个目的系统得到完满的说明。由于这个“终极目的”是无条件的，所以它必须一方面具有超自然的性质，另一方面又与自然中的存在相关。这就要求自然中有这样一种存在，它既是自然存在物，同时具有不受自然限制的自由，这种存在就是人类理性。由于人类理性的自由体现在它的道德活动之中，所以自然之“最高目的”中的“终极目的”就是人类理性的“至善”。“因为若没有人，相互从属的目的系列就没有充分的根据；只有在人里面，然而只是在作为道德主体的人里面，我们才能发现关于目的的无条件的立法，唯有这无条件的立法使他能够成为整个自然在目的论上所从属的终极目的。”因此，自然的“最高目的”与创造的“终极目的”之间的关系，就是文化与道德之间的关系。康德一方面在理论理性与实践理性之间作了严格的区别，另一方面亦试图使它们协调一致，从而全面地解决了卢梭的问题。在他看来，我们可以将文化（技能文化和教育文化）看作道德意识的必要条件，只有当人类充分文明起来之后才有可能超越自然而达到自由。所以文化与道德之间的关系应该是这样的：文化作为自然与自由结合的产物，构成了两者之间的“中介”，因而文化是道德的准备条件，道德作为文化的目的则规定着它的方向。显然，由于目的论的引入，从自然、文化到道德的“演进”，使康德原本主要是静态结构分析的批判哲学融入了某种动态的生成性因素：
 

知  性－－－自然的合规律性－－自然人
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判断力－――自然的合目的性－－文化人
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理  性－－－创造的终极目的－－道德人
 
由此可见，自然目的论对于解决自然与自由的结合问题是有意义的，然而它又是有局限的，当它达到了自然的“最高目的”即人的文化时就无法再前进了，如果我们企图通过自然目的论推论出自然的“终极目的”，以一种“自然神学”来解决问题，那是毫无意义的。因为我们没有任何根据从有限的、有条件的自然之中找到一个无限的、无条件的“终极目的”，这样的“终极目的”只能存在于以自由为基础的理性自我立法的道德法则之中，并且以一种“道德神学”为其根据。而所谓人的文化的“终极目的”乃是“至善”，亦即幸福（自然）与德性（自由）的最高统一，这个问题已经超出了自然目的论的界限。为了给“至善”提供本源性的根据，康德认为有必要用一种道德目的论以及由它而形成的道德神学来回答自然目的论无法回答的问题。
如果说自然目的论需要道德目的论的补充是可以理解的，那么为什么道德目的论又必须以“道德神学”为其根据呢？因为在实践理性领域，道德法则作为理性的自律的确是无条件的，但是实践理性引发出的“至善”问题却不是单纯由实践理性自己就能够回答的，它涉及到理论理性的自然领域与实践理性的自由领域的协调统一问题。理性虽然是自律的，然而其自律仅仅在实践领域有意义，对它来说，自然无论如何是一个他律的世界，而任何一个道德行为都将不可避免地落入自然之中，从而不受实践理性自己的控制。在实践理性中，康德以“公设”的方式来解决这个问题，但那毕竟只是实践理性之实现所必不可少的假设，仅仅如此还不足以保证服从必然的因果法则的自然能够满足道德法则实现的条件。因此，“我们必须假定一个道德意义的世界原因（一个造物主），以便使我们按照道德法则的要求确立一个终极原因”，既然人是为这个终极目的而生存的，这个目的就要求有一位至上的道德理性是本着这个目的而形成了他这个人和这个世界的。唯有当这个道德性的世界原因亦即上帝是存在的，我们才有理由将自然看作是一个完整的目的系统，并且与我们的道德目的符合一致。于是，我们就有了一种基于道德目的论的“道德神学”。