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不能不看到，新医药模式的诞生虽然标志著人在认识自然、社会和人自身过程中一个里程碑式的进步，但由之而引发的所谓“第三次医学革命”面并非一片坦途。代表未来发展方向的新模式，由于初创不久，无论在理论基础还是在实践应用方面尚漏洞百出，有待进一步补充和完善。
　　首先，生物——心理——社会医学模式虽以系统论思想为指导构成了新的医学体系，但其中生物、心理、社会三个基本层次的哲学根据各不相同，仍缺乏一个完整而统一的哲学基础。在生物层次上，唯物论的哲学观是其研究依据，机械的、还原的研究方法依然是主导方法；在心理层而上，强调意识主动性的内心理本位的哲学观成为指导思想；而在社会层面上，经验论、实用论的哲学观又成为研究的准则。因此，从哲学意义上主说，新的医学模式在整体上并无骨在的一致性，其构成虽有现代新理论的指导，但更多的还是医学发展的需要和医疗实践经验总结的结果，理论上的粗糙与笼统显而易见。无怪乎有人指出：生物、心理、社会三者在新模式中只是被人为地捆绑在一起而已。
　　其次，旧医学模式中遗留下来的心身二元问题，尤其是意识的本质这一问题，在生物——心理——社会医学模式中依然存在，并成为无法达到内在完整之关键所在。新模式的优点只是在于它将心理、意识当作与生物因素同样重要的健康因素，不像生物医学遗漏、忽视甚至回避这一关键问题，但它同样没有能力揭示心理、意识的产生、本质以及心身二者的关系。事实上，依靠现代医学目前的认识程度能否真正解决这一问题，尚颇令人怀疑。最后，主要由于生物——心理——社会医学模式自身统一性的缺乏，致使其在医疗实践中无法得到广泛且具有深度的应用。当今的生物医学、心身医学及社会医学的工作者大多还是停留在原来固有的思维框架内进行活动，其诊断、治疗并无根本改观。新模式则更多的是停留在理论的探讨和提倡上，在实践中并未产生极大的影响。
　　正如生物——心理——社会医学模式提出时，需要新的实践和理论的血液输入一样，它的发展和完善同样需要更新的营养来补充。为此，我们把目光投向恰可与西方文明互补的古老的东方，进入最到代表东方文明的古老的佛学中去寻找启示，以弥补现代医学之不足。