在工程硕士专业蓬勃发展，GCT考试构想日趋成熟的形势下，国务院学位办工程硕士入学考试研究小组经过一年多的调查研究，提出了两段制考试办法，定于2003年开始实施，工硕考试大纲也随之改变。
所谓两段制考试办法是将工程硕士入学考试分为两个阶段。第一阶段，考生参加全国统一组织的工程硕士研究生入学资格考试（英文名称为Graduate Candidate Test for Master of Engineering，简称GCT-ME），考试包含四个科目：语文、数学、逻辑、外语。考生的“GCT-ME”成绩有效期为两年。具有培养工程硕士资格的高等学校可根据本校的实际情况自行确定报考本校工程硕士研究生“GCT-ME”的分数线。
第二阶段，由考生持本人的“GCT-ME”成绩单，到所报考的院校申请参加学校根据培养目标自行确定和组织的测试。学校依据考生的各项测试成绩和对考生的考察结果，决定是否录取。
