1、    参与蛋白质生物合成体系的组分有哪些，他们具有什么功能
2、    试述分子伴侣在蛋白质折叠中的作用
3、    遗传密码有哪些基本特性
4、    试比较原核生物与真核生物翻译的特点
5、    氨基酸在蛋白质生物合成过程中是怎样被活化的
6、    试述干扰素抗病毒的作用机制
7、    试述多肽链合成后的一级结构修饰的主要内容
8、    RNA主要有哪三种，他们在蛋白质生物合成过程中各有什么功能
9、    试述原核生物蛋白质合成的主要步骤
10、    试述蛋白质生物合成过程中如何保证其产物的正确性
11、    试分析为什么阅读密码从5’端到3’端，而肽链合成是从N-端到C-端
12、    为什么说蛋白质靶向运输的信息存在于其一级结构中

基因表达调控
基因表达gene expression
管家基因 housekeeping gene
乳糖操纵子 lac operon
顺式作用元件 cis-acting element
反式作用元件 trans-acting factor
单顺反子 monocistron
1、    简述基因表达的规律及方法
2、    简述乳糖操纵子的结构及调控原理
3、    转录激活调节的基本要素是什么
4、    真核基因表达的特点是什么
5、    简述真核基因启动子、增强子及转录因子的概念、结构与功能
6、    RNAi是在什么水平上对基因表达进行调控的？

基因重组与基因工程
基因工程 cDNA文库 基因组cDNA文库 粘性末端 回文结构 目的基因
Restriction endonuclease    vector    plasmid    YAC载体   cosmid
COS序列 同源重组 转化 转染 转化子 重组子 转座 感受态细胞 蓝白斑实验
1.简述基因位点特异的重组和同源重组的差别.
2.何谓基因克隆 简述基因克隆的基本过程.
3.何谓限制性核酸内切酶 写出大多数限制性核酸内切酶识别DNA序列的结构特点.
4.何谓目的基因 写出其主要来源或途径.
5.解释质粒,为什么质粒可作为基因载体.
6.解释基因载体,说出哪些DNA可作为基因的载体.
7.简述E.coli和真核表达体系各自的优,缺点.

细胞信息转导
受体 SH2结构域 G蛋白偶联受体  G蛋白  小G蛋白 信号转导通路  第二信使  蛋白质相互作用结构域  衔接蛋白  钙调蛋白  蛋白激酶
1、    细胞如何对外源信号产生应答反应
2、    列举在G蛋白偶联受体介导的信号转导通路上可能产生放大作用的步骤
3、    细胞膜受体可以分为哪几类，各自的结构和信号转导机制是什么
4、    列举EGFR介导的EGFR-Ras-MAPK信号通路的主要构成和作用方式
5、    列举影响细胞对外源信号的应答的因素
6、    什么是细胞间的信息物质，包括哪几类，有什么特点
7、    导致疾病发生信号转导通路异常的原因有哪些方面
8、    细胞信号转导通路复杂性体现在哪些方面
9、    受体的作用有哪些特点

血液的生物化学
急性时相蛋白质  血浆蛋白的多态性 非蛋白氮 2,3-BPG旁路 内源性凝血途径 外源性凝血途径 卟啉症 凝血因子
1、    试述红细胞的氧化还原系统
2、    试述抗凝血成分的种类及抗凝血的作用机制
3、    简述成熟红细胞糖代谢的特点及红细胞中ATP的主要生理功能
4、    血红素的合成有何特点
5、    参与血红素生物合成的调节因素有哪些
6、    概述血浆蛋白质的生理功能

肝的生物化学
生物转化 加单氧酶系  微粒体乙醇氧化系统 初级胆汁酸 次级胆汁酸 胆汁酸的肝肠循环 游离胆红素 结合胆红素 黄疸
1、    简述结合胆红素与游离胆红素的区别及其临床诊断意义
2、    如何理解肝系多种物质的代谢中枢
3、    简述肝微粒体加单氧酶系的组成、作用特点及生理意义
4、    简述胆汁酸的主要生理功能
5、    试述胆汁酸的肠肝循环及其生理意义
6、    何谓生物转化？其生理意义、影响因素及特点是什么
7、    为何甲亢病人血清胆固醇浓度会降低
8、    胆固醇和胆汁酸之间的代谢有何关系
9、    简述肝在胆红素代谢中的作用
10、    胆汁酸与胆素原肠肝循环有何异同点
11、    简述胆红素的来源和去路
12、    试述三种黄疸时血、尿及粪中胆色素的实验室检查变化

维生素与无机物
微量元素 维生素 脂溶性维生素 水溶性维生素 视循环 凝血维生素 维生素A原 结合钙
1、    什么是维生素，分几类
2、    引起维生素缺乏的常见原因有哪些
3、    简述维生素与辅酶的关系
4、    简述脂溶性维生素的生理功能
5、    试述几种B族维生素的生理功能及缺乏症
6、    试述大量食用生鸡蛋清引起生物素缺乏的生化机制
7、    人体铁的主要生物学功能有哪些
8、    微量元素硒的功能和缺乏症是什么
9、    试述维生素D、甲状旁腺素和降钙素对钙、磷代谢的调节

糖蛋白、蛋白聚糖和细胞外基质
糖基化位点 O-连接寡糖链 蛋白聚糖 糖联载体 O-GlcNAc糖基化
1、    简述糖蛋白的N-连接寡糖链的结构及其合成过程
2、    常见的糖胺聚糖有哪几种，各有何结构特征
3、    简述糖蛋白寡糖链的主要功能
4、    简述胶原分子的氨基酸组成及其结构特征和功能的关系
5、    谈谈纤链蛋白结构域与功能的关系

癌基因、抑癌基因与生长因子
癌基因 抑癌基因
1、    简述生长因子与细胞癌基因的关系
2、    简述癌基因致肿瘤基本机制

常用分子生物学技术的原理及其应用
核酸分子杂交 探针 Southern印迹  Northern印迹  Western印迹  聚合酶链反应
反转录PCR技术 基因组DNA文库 转基因动物 基因剔除 基因芯片 蛋白质芯片 酵母双杂交系统 电泳迁移变动测定 染色体免疫沉淀法 基因治疗 核酸疫苗 直接体内疗法 间接体内疗法 基因诊断
1、    简述基因治疗的策略和基本程序
2、    试述基因诊断的特点及基本技术
3、    可以用于细胞内某种特定mRNA定性定量分析的方法有哪些，各有什么优缺点
4、    简述PCR技术的基本原理和主要用途
5、    生物芯片的含义是什么，与传统生物技术相比有哪些优势
6、    简述遗传修饰动物模型的种类和在医学方面的主要用途
7、    简述基因组文库和cDNA文库的含义和用途
生 化 小 结
第十章 DNA的生物合成
一．DNA复制(replication)：是指遗传物质的传代，以母链DNA为模板合成子链DNA的过程。
    分子基础：碱基互补配对和DNA的二级结构。
化学本质：酶促反应。
参与物质：酶和蛋白质因子。
二．半保留复制是DNA复制的基本特征。
  1.半保留复制(semi-conservative replication)：DNA生物合成时，母链DNA解开为两股单链，各自作为模板(template)按碱基配对规律，合成与模板互补的子链。子代细胞的DNA，一股单链从亲代完整地接受过来，另一股单链则完全从新合成。两个子细胞的DNA都和亲代DNA碱基序列一致。
  2.意义：按半保留复制方式，子代DNA与亲代DNA的碱基序列一致，即子代保留了亲代的全部遗传信息，体现了遗传的保守性。
三．DNA复制从起始点向两个方向延伸形成双向复制。
  1.双向复制：原核生物复制时，DNA从起始点(origin)向两个方向解链，形成两个延伸方向相反的复制叉。
  2.复制子(replicon)：真核生物每个染色体有多个起始点，是多复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个复制子(replicon) 。复制子是独立完成复制的功能单位。
四．DNA一股子链复制的方向与解链方向相反导致半不连续复制。
  1.DNA复制是有方向性：总是沿着子链的5’--3’方向合成，这种方向的形成取决于DNA聚合酶的聚合活性，在同一个复制叉上只有一个解链方向。
  2.顺着解链方向生成的子链，复制是连续进行的，这股链称为领头链(leading strand)。
  3.另一股链因为复制的方向与解链方向相反，不能顺着解链方向连续延长，这股不连续复制的链称为随从链(lagging strand) 。复制中的不连续片段称为岡崎片段(okazaki fragment)。
  4.领头链连续复制而随从链不连续复制，就是复制的半不连续性。
五．参与DNA复制的物质：底物(dATP, dGTP, dCTP, dTTP)、聚合酶(依赖DNA的DNA聚合酶，简写为DNA-pol)、模板(解开成单链的DNA母链)、引物(提供3’-OH末端使dNTP可以依次聚合)、其他的酶和蛋白质因子
六．核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键是复制的基本化学反应，(dNMP)n + dNTP → (dNMP)n+1 + PPi。
  1.DNA聚合酶（DNA-pol）催化核苷酸之间聚合。活性：3’--5’的聚合活性，核酸外切酶活性（3’--5’外切酶能辨认错配的碱基对，并将其水解；5’--3’外切酶能切除突变的 DNA片段）。
  2.原核生物的DNA聚合酶分为DNA-polⅠ、DNA-polⅡ、DNA-polⅢ三型，都具有5`——3`聚合的活性和3`——5`核酸外切酶的活性。
    DNA-polⅠ：只能催化延长约20核苷酸左右；对复制中的错误进行校读，对复制和修复中出现的空隙进行填补。
    DNA-polⅡ：DNA-pol II基因发生突变，细菌依然能存活；在I和III缺失情况下暂时起作用；对模板的要求不高，它参与DNA损伤的应急状态修复。 
    DNA-polⅢ：活性远高于I，是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。
  3.常见的真核细胞DNA聚合酶有DNA-pola（起始引发，有引物酶活性）、DNA-polb（参与低保真度的复制）、DNA-polg（在线粒体DNA复制中起催化作用）、DNA-pold（延长子链的主要酶，有解螺旋酶活性）、DNA-pole（在复制过程中起校读、修复和填补缺口的作用）五种。
  4.核酸外切酶的校读活性和碱基选择功能是复制保真性的酶学依据。
    核酸外切酶(exonuclease)：能从核酸链的末端把核苷酸依次水解出来的酶，外切酶是有方向性的。
  5.DNA复制的保真性至少要依赖三种机制。（遵守严格的碱基配对规律；聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能；复制出错时DNA-pol的及时校读功能）
七．复制中的分子解链伴有DNA 分子拓扑学变化。
  1.解螺旋酶（helicase)：利用ATP供能，作用于氢键，使DNA双链解开成为两条单链。
  2.引物酶：依赖DNA的RNA聚合酶在模板的复制起始部位催化NTP的聚合, 形成短片段的RNA。这一小段RNA作为复制的引物，提供3’-OH末端，使DNA-pol能够催化dNTP聚合。
  3.单链DNA结合蛋白(SSB)：在复制中维持模板处于单链状态，保护单链的完整。
八．DNA拓扑异构酶改变DNA超螺旋状态、理顺DNA链。包括拓扑异构酶Ⅰ、拓扑异构酶Ⅱ，既能水解 、又能连接磷酸二酯键。
  1.拓扑异构酶Ⅰ作用机制：切断DNA双链中一股链，使DNA解链旋转不致打结；适当时候封闭切口，DNA变为松弛状态；反应不需ATP。
  2.拓扑异构酶Ⅱ作用机制：切断DNA分子两股链，断端通过切口旋转使超螺旋松弛；利用ATP供能，连接断端， DNA分子进入负超螺旋状态。
九．DNA连接酶连接DNA双链中的单链缺口。
  1.作用方式：连接DNA链3’-OH末端和相邻DNA链5’-P末端，使二者生成磷酸二酯键，从而把两段相邻的DNA链连接成一条完整的链。
  2.功能: DNA连接酶在复制中起最后接合缺口的作用,在DNA修复、重组及剪接中也起缝合缺口作用,也是基因工程的重要工具酶之一。
十．原核生物DNA复制起始：DNA解链形成引发体。
  1.DNA解开成单链，提供模板：E.coli复制起始点 oriC。
  2.形成引发体，合成引物，提供3’-OH末端：含有解螺旋酶、DnaC蛋白、引物酶和DNA复制起始区域的复合结构称为引发体。引物是由引物酶催化合成的短链RNA分子。
十一.原核生物DNA复制延长：复制的延长指在DNA-pol催化下，dNTP以dNMP的方式逐个加入引物或延长中的子链上，其化学本质是磷酸二酯键的不断生成。
  1.领头链的合成：领头链的子链沿着5¢→3¢方向可以连续地延长。
  2.随从链的合成：
 
 3.同一复制叉上领头链和随从链由相同的DNA-pol催化延长。
十二.原核生物DNA复制终止：切除引物、填补空缺、连接切口。
十三.真核生物的DNA生物合成中，细胞能否分裂，决定于进入S期及M期这两个关键点。G1→S及G2→M的调节，与蛋白激酶活性有关；蛋白激酶通过磷酸化激活或抑制各种复制因子而实施调控作用。
十四.真核生物复制的起始与原核基本相似。
1.    真核生物每个染色体有多个起始点，是多复制子复制。复制有时序性，即复制子以分组方式激活而不是同步起动。复制的起始需要DNA-polα（引物酶活性）和polδ（解螺旋酶活性）参与。还需拓扑酶和复制因子(RF)。
2.    增殖细胞核抗原（PCNA）在复制起始和延长中起关键作用。PCNA为同源三聚体，具有与E.coli DNA 聚合酶Ⅲ的β亚基相同的功能和相似的构象，即形成闭合环形的可滑动DNA夹子，在RFC的作用下PCNA结合于引物－模板链；并且PCNA使polδ获得持续合成能力。PCNA水平也是检验细胞增殖的重要指标。
3.    细胞能否分裂，决定于进入S期及M期这两个关键点。G1→S及G2→M的调节，与蛋白激酶活性有关。蛋白激酶通过磷酸化激活或抑制各种复制因子而实施调控作用。相关的激酶都有调节亚基即细胞周期蛋白(cyclin)，和催化亚基即细胞周期蛋白依赖激酶(CDK)。哺乳类动物细胞内还发现天然抑制CDK的蛋白质，例如锚蛋白(ankynin)是CDK4的特异性抑制物，P21蛋白能抑制多种CDK。锚蛋白和P21蛋白的抑制/活化可使细胞周期开放/关闭，因此被形容为细胞周期的检查点(check point)蛋白。
十五.真核生物复制的延长发生DNA聚合酶α/δ转换。
DNA-pol δ和pol α分别兼有解螺旋酶和引物酶活性。在复制叉及引物生成后，DNA-pol δ通过PCNA的协同作用，逐步取代polα，在RNA引物的3’-OH基础上连续合成领头链。随从链引物也由polα催化合成。然后由PCNA协同，polδ置换polα，继续合成DNA子链。
十六.端粒酶参与解决染色体末端复制问题。
1.    染色体DNA呈线状，复制在末端停止；复制中岡崎片段的连接，复制子之间的连接；染色体两端DNA子链上最后复制的RNA引物，去除后留下空隙。
2.    端粒(telomere)：指真核生物染色体线性DNA分子末端的结构。其结构特点为：由末端单链DNA序列和蛋白质构成；末端DNA序列是多次重复的富含G、C碱基的短序列。功能为：维持染色体的稳定性，维持DNA复制的完整性。
3.    端粒酶(telomerase)由端粒酶RNA(hTR)、端粒酶协同蛋白(hTP1)、端粒酶逆转录酶(hTRT)组成。
4.    端粒酶的催化延长作用：爬行模型。
十七.逆转录病毒细胞内的逆转录现象: RNA 模板经逆转录酶生成DNA-RNA杂化双链，接着在RNA酶作用下生成单链DNA，最后在逆转录酶作用下生成双链DNA。
十八.cDNA：为试管内合成，以mRNA为模板，经逆转录合成的与mRNA碱基序列互补的DNA链。
十九.滚环复制(rolling circle replication)：某些低等生物的复制形式，如X174和M13噬菌体等。
二十.D环复制(D-loop replication): 是线粒体DNA的复制形式。
二十一.遗传物质的结构改变而引起的遗传信息改变，均可称为突变。在复制过程中发生的DNA突变称为DNA损伤(DNA damage)。
1.    错配：DNA分子上的碱基错配称点突变(point mutation)，包括转换（同型碱基间）和颠换（异型碱基间）。
2.    缺失：一个碱基或一段核苷酸链从DNA大分子上消失。
3.    插入：原来没有的一个碱基或一段核苷酸链插入到DNA大分子中间。
4.    重排：DNA分子内较大片段的交换。
5.    框移突变三联体密码的阅读方式改变，造成蛋白质氨基酸排列顺序发生改变，缺失或插入都可导致框移突变。
二十二. DNA损伤的修复:
1.    光修复。
2.    切除修复：是细胞内最重要和有效的修复机制，主要由DNA-polⅠ和连接酶完成。
3.    重组修复：作用于单链
4.    SOS修复：当DNA损伤广泛难以继续复制时，由此而诱发出一系列复杂的反应。在E. coli，各种与修复有关的基因，组成一个称为调节子(regulon)的网络式调控系统。这种修复特异性低，对碱基的识别、选择能力差。通过SOS修复，复制如能继续，细胞是可存活的；然而DNA保留的错误较多，导致较广泛、长期的突变。

第十一章 RNA的生物合成
一．中心法则(The Central Dogma)：是指遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，即完成遗传信息的转录和翻译的过程。也可以从DNA传递给DNA，即完成DNA的复制过程。这是所有有细胞结构的生物所遵循的法则。在某些病毒中的RNA自我复制和在某些病毒中能以RNA为模板逆转录成DNA的过程是对中心法则的补充。
二．转录(transcription)：生物体以DNA为模板合成RNA的过程。
  1.RNA合成有转录与RNA复制两种形式。
  2.与复制相同处：酶促的核苷酸聚合过程，以DNA为模板，依赖DNA的RNA聚合酶，产物是磷酸二酯键连接的核苷酸链，都从5`-3`方向合成新链，遵从碱基配对规律。
  3.与复制不同处：模板（不对称转录）、产物、配对、原料（NTP）、酶（RNA-pol）。
三．原核生物的转录模板。
  1.结构基因(structural gene)：DNA分子上转录出RNA的区段。
  2.不对称转录(asymmetric transcription)：在DNA分子双链上某一区段，一股链用作模板指引转录，另一股链不转录；模板链并非永远在同一条单链上。
  3.转录是有方向性的，按照产物链的5`向3`方向延长。
  4．DNA双链中按碱基配对规律能指引转录生成RNA的一股单链，称为模板链(template strand)，也称作有意义链或Watson链。相对的另一股单链是编码链(coding strand)，也称为反义链或Crick链。
四．RNA聚合酶能直接启动RNA链的合成。
  1. DNA依赖的RNA聚合酶催化合成RNA，RNA合成的化学机制与DNA依赖的DNA聚合酶催化DNA合成相似，(NMP)n+NTP→(NMP)n+1+PPi。
  2.RNA聚合酶通过在RNA的3’-羟基端加入核苷酸延长RNA链，以5’到3’方向合成RNA。
  3. DNA聚合酶在启动DNA链延长时需要引物存在，而RNA聚合酶不需要引物就能直接启动RNA链的延长。RNA聚合酶和DNA的特殊序列--启动子(promoter)结合后，就能启动RNA合成。
五．RNA聚合酶由多个亚基组成。
  1.亚基：α（决定哪些基因被转录）、β（催化功能）、β’（结合DNA模板）、σ（辨认起始点）。
  2.全酶(holoenzyme)：作用于转录起始阶段，由以上四种亚基组成。
  3.核心酶(core enzyme)：作用于整个转录过程由αββ’三种亚基组成。
  4.热休克蛋白、热休克反应与σ因子的转变（70→32）。
  5.利福平（抗结核）对RNA聚合酶β亚基有专一性抑制，用以判断β亚基在转录中的作用。
六．RNA聚合酶结合到DNA的启动子上启动转录。
  1.转录是不连续、分区段进行的。每一转录区段可视为一个转录单位，称为操纵子(operon)。操纵子包括若干个结构基因及其上游的调控序列。
  2. RNA聚合酶结合模板DNA的部位，称为启动子(promoter)。启动子是控制转录关键部位。原核生物以RNA聚合酶全酶结合到DNA启动子上而起动转录，其中由σ亚基辨认启动子，其他亚基相互配合。
  3. RNA-pol与1－10区（Pribnow Box，富含TATAAT）的结合比与－35区的结合牢固。－35区是RNA－pol对转录起始的辨认位点，辨认结合后，酶向下游移动，达到－10区，就跨入转录起始点，形成相对稳定的转录复合物，开始进行转录。
七．转录起始需要RNA聚合酶全酶。从RNA-pol结合到启动子，到第一个NTP加入形成转录起始复合物（RNApol (a2s¢bb) - DNA - pppGpN- OH 3¢）。
八．原核生物转录起始过程：
  1.RNA聚合酶识别启动子并与模板结合，形成闭合转录复合体。
  2.DNA双链局部解开，形成开放转录复合体。
  3.σ因子识别转录起始点。先识别-35区，移向-10区，跨入转录起始位点。（转录起始或延长中，DNA双链的解开范围比复制叉小得多；转录不需要引物，RNA-pol可以把两个与模板配对相邻核苷酸形成磷酸二酯键。）
  4.第一个核苷酸常为GTP或ATP，与第二个核苷酸形成四磷酸二核苷酸，这种结构在转录过程中一直保留。在RNA聚合酶作用下发生第一次聚合反应，形成转录起始复合物。（5¢-pppG-OH + NTP® 5¢-pppGpN-OH 3¢ +ppi）
  5.第一个磷酸二酯键形成后，亚基即从起始复合物上脱落。核心酶进入延长阶段。亚基脱落可以促进转录，也是其循环利用的基础。
九．原核生物的转录延长时蛋白质的翻译也同时进行。
  1.亚基脱落，RNA–pol聚合酶核心酶变构，与模板结合松弛，沿着DNA模板前移；在核心酶作用下，NTP不断聚合，RNA链不断延长。
  2.转录空泡（transcription bubble）：由RNA-pol、DNA、RNA组成。
  3.转录产物形成与转录产物向外延伸。（DNA/DNA双链的结构比DNA/RNA杂化双链稳定；GC比AT稳定，AT比AU稳定；转录完成后的局部DNA单链会自动回复成双链）
  4.原核生物转录过程中的羽毛状现象。（在同一DNA模板上，有多个转录同时在进行；转录尚未完成，翻译已在进行；真核生物没有这种现象）
十.原核生物依赖 Rho因子的转录终止。
  1. 试管内的转录产物长于细胞内的转录产物，促进了ρ因子的发现。
2.ρ因子对polyC的结合力最强，而产物RNA的3`端有丰富的C。
3.转录终止信号是存在于产物RNA中而不是模板DNA中。
4.ρ因子的结构与三个活性。
十一. 原核生物不依赖 Rho因子的转录终止。
1.    DNA模板上靠近终止处，有些特殊的碱基序列，转录出RNA后，RNA产物形成特殊的结构来终止转录。
2.    茎环结构使转录终止的机理：使RNA聚合酶变构，转录停顿；使转录复合物趋于解离，RNA产物释放；3`端的寡聚U是RNA从模板脱落的促进因素。