黑格尔的逻辑学虽然以纯思想规定为其研究的对象，然而他并不认为脱离现实脱离具体内容的“纯粹思想”是某种现实的存在。正如他所说的，“逻辑的体系是阴影的王国，是单纯本质性的世界，摆脱了一切感性的具体性。”实际上，逻辑学是从“一个方面”即本质的方面来展示真理，因而逻辑的理念还只是“幽灵”而不是活生生的灵魂，或者说，还不是现实的真理。
逻辑学以纯思想规定为其研究的对象，也就是以范畴作为它的研究对象。当我们说范畴是具有本体意义的本质性因素的时候，这并不意味着范畴是什么高不可攀的神秘的东西，其实它就存在于我们的思想和语言之中。黑格尔说：“思维形式首先表现和记载在人的语言里。人兽之别就由于思想，这句话在今天仍须常常记住。语言渗透了成为人的内在的东西，渗透了成为一般观念的东西，即渗透了人使其成为自己的一切；而人用以造成语言和在语言中所表现的东西，无论较为隐蔽、较为混杂或已经很明显，总包含着一个范畴；范畴的东西对人是那么自然，或者不如说它就是人的特有本性自身。”所以，哲学不需要特殊的术语。然而这并不是说逻辑学是一项十分容易的工作，其困难之处乃在于如何使“熟知”纯化为“真知”，亦即将人们日常使用的语言纯化为哲学的概念。
黑格尔的逻辑学是一项前所未有的崭新的事业。他一方面要总结人类精神对于绝对的认识史－－这已经由他的精神现象学完成了，一方面要把人们的日常语言纯化为崭新概念，另一方面还要改造传统的逻辑学，使概念“流动”起来，使“逻辑的枯骨”通过精神成为有血有肉的实在。通过黑格尔的努力，他终于将亚里士多德的形而上学观念付诸实现，为世界确立了一个十分完善的逻辑结构。
（三）世界的逻辑结构
黑格尔的《逻辑学》（大逻辑）分为“客观逻辑”和“主观逻辑”两大部分，其中“客观逻辑”分为“存在论”和“本质论”，“主观逻辑”是“概念论”。《哲学全书》中的逻辑学部分（小逻辑）则没有区分“客观逻辑”和“主观逻辑”，而是直接划分为“存在论”、“本质论”和“概念论”。
按照黑格尔的观点，“客观逻辑”部分地与康德的先验逻辑相一致，而更重要的是它取代了传统的形而上学或本体论的位置。康德的先验逻辑本身就是“内在形而上学”，因为它有条件地以范畴体系确立了世界的逻辑结构，而黑格尔所要做的就是在此基础之上重新恢复形而上学的客观性原则。“主观逻辑”所讨论的是传统的形式逻辑的内容，当然经过了黑格尔的改造。不仅如此，这一部分甚至处于逻辑学的最高阶段，因为在黑格尔看来，“概念”乃是“存在”和“本质”的真理。显然，黑格尔的逻辑学仍然给形式逻辑留有一席之地，那种认为辩证逻辑排斥形式逻辑的看法是错误的。黑格尔其实并不否认形式逻辑在认识中的作用，他只是认为形式逻辑是有局限的，仅仅停留在此不可能把握事物活生生的生命。
如前所述，“客观逻辑”包括“存在论”与“本质论”，“主观逻辑”就是“概念论”。因此逻辑学的具体内容划分为三编：
第一编“存在论”研究的是直接性的认识阶段，在这一部分中范畴推演的特点是“过渡”，亦即从一个直接性的东西过渡到另一个直接性的东西。在这个阶段，概念还处在“自在的”或潜在的阶段，其内容是尚未展开的。“存在论”包括“规定性（质）”、“大小（量）”和“尺度”三个阶段，它以“存在”范畴作为开端，从一个范畴过渡到另一个范畴，最后扬弃了自身的直接性而进入到了间接性的领域，由此而过渡到了“本质论”的领域。
第二编“本质论”研究的是间接性的认识阶段，在这一部分中范畴推演的特点是“反映”（Reflexion），亦即成双成对的概念既相互对立又相互映现自身，这是“自为的”或处于展开过程中的阶段。“本质论”包括“作为反思自身的本质”、“现象”和“现实”三大阶段，反思概念以在他物中映现自身的方式展开自身，最终扬弃了直接性与间接性之间的矛盾，成为一个统一的概念的诸多环节，从而进入了“概念论”的领域。
第三编“概念论”研究的是直接性与间接性的统一、自在与自为的统一，相互对立的概念现在消融为一个概念，在这一部分中范畴推演的特点是“发展”，这是逻辑学的最后也是最高的阶段。“概念论”包括“主观性”、“客观性”和“理念”三大阶段，黑格尔在此讨论了概念、判断和推理，机械性、化学性和目的性，以及生命、认识的理念和绝对理念，最终扬弃了一切差别和对立，将所有的范畴融合为一个有机的整体，这个整体就是“绝对理念”。
黑格尔在正式进入逻辑学的内容之前，首先说明了科学为什么以“存在”作为开端的理由。由于他的逻辑学就是形而上学或本体论，因而巴门尼德的“存在”理所当然地成为了逻辑学的开端。在黑格尔看来，他的逻辑学所确立的范畴体系并不是他自己的独创，而是对哲学史这个关于绝对的认识史的概括和总结，所以他的工作就是以所有哲学的基本原则亦即范畴为“原料”形成一个统一的逻辑系统，而所有这些范畴作为“绝对”的诸多环节都被安排在恰当的位置之上，由此而形成的即是一个完整的“绝对”。当然，这里所说的“绝对”还不是现实的绝对精神而只是绝对精神的“骨架”或结构，只有到了“精神哲学”之中绝对精神才真正成为现实，所以黑格尔称之为“绝对理念”。不仅如此，由于人类精神对于“绝对”的认识就是“绝对”对其自身的自我认识，因而“绝对”的范畴体系实际上并不是我们推演的结果，而是它自己扬弃自己、自己推演自己的自我运动。众所周知，黑格尔逻辑学中的范畴推演不乏牵强附会之处，不过从总体上看的确具有极其严整的逻辑必然性。只要我们从它的第一个范畴“存在”开始进入这个逻辑系统，立刻就会身不由己地融入于其中，感受到辩证法那种不可抗拒的强大力量。
黑格尔哲学是西方哲学史上公认最富于内在逻辑性、形式上最完善的哲学体系，他的逻辑学尤其如此。然而黑格尔自己并不认为他的逻辑学已经完善了。在他看来，这是一项新的事业，因而需要长时间的研究探讨。黑格尔不仅曾经在课堂上反复尝试过不同的范畴推演方式，而且在临去世之前还在修改《逻辑学》。在去世前一个星期，1831年11月7日，黑格尔在《逻辑学》第二版序言中说，想到柏拉图曾经七次修改《国家篇》，一部现代包含着深刻内容的哲学著作就应该修改七十七次才对。由此可见，黑格尔始终没有停止过对其哲学体系的探索。
四、哲学全书

 通常我们所说的黑格尔的哲学体系就是《哲学全书》的体系。黑格尔对于哲学体系的思考由来已久，因为这乃是康德、费希特和谢林试图解决而没能最终解决的难题。在他看来，哲学是科学，而唯有当它是一个体系的时候才真正称得上是科学。所以在黑格尔出版发表了《精神现象学》和《逻辑学》之后，如何将哲学构成为一个科学的体系就成了摆在他面前亟待解决的问题。
（一）《哲学全书》
1816年当黑格尔在海德尔贝格大学准备讲课的时候，他不想像康德那样使用现成的教材而希望使用自己编写的教学纲要，因为没有任何一部现成的教材适合他的哲学体系。于是黑格尔一边以口授的方式讲课，一边着手编写新的教学纲要，这就形成了《哲学全书》。在1817年这部教学纲要出版之时，黑格尔写到：“为了适应我的哲学讲演的听众对一种教本的需要起见，我愿意让这个对于哲学全部轮廓的提纲，比我原来所预计的更早一些出版问世。”与此同时，黑格尔强调说，由于该书采取的是纲要形式，因而它不仅未能依照理念的内容予以详尽发挥，而且它的系统推演的发挥也是特别浓缩的。所以作为纲要，《哲学全书》一方面是对哲学体系之轮廓的概括，另一方面亦表明其内容的发挥还有待于口头的讲授。
《哲学全书》于1817年出版了第一版，1827年出了第二版，内容比第一版增加了一倍，1830年第三板问世，虽然篇幅增加不多，但文字的改动数以千计。显然，黑格尔在此下了很大的功夫。黑格尔去世之后，人们在编辑他的著作时把学生听课的笔记补充进去作为该书的“附释”，对于人们一般地理解黑格尔的思想很有帮助，然而专家学者们却宁愿让这本书保持原样，把那些学生笔记依时间的顺序整理出版，后来《黑格尔全集》出版批判版的时候就采取了这样的方式。
我们通常所说的黑格尔的哲学体系就是这个《哲学全书》的体系。就此而论，我们既不应该因为它只是纲要而忽视其意义，同时也不应该认为《哲学全书》的体系就是黑格尔定了型的哲学体系。显然，比较这本书的不同版本我们就会发现，黑格尔哲学体系的框架大致如此，而内容和细节则始终处于变化之中。
（二）逻辑、自然和精神
《哲学全书》分为三大部分：“逻辑学”、“自然哲学”和“精神哲学”。“逻辑学”是研究理念的自在自为的科学，它讨论的是纯粹的本质性因素亦即纯思想规定或范畴；“自然哲学”是研究理念的异在或外在化的科学，它讨论的是理念外化自身而成为自然亦即理念的外在表现；“精神哲学”研究的是理念由它的异在返回它自身的科学，它讨论的是理念通过人类精神重新获得自己的形式，从而成为真正的现实的过程。
《哲学全书》中的“逻辑学”部分（小逻辑）基本上是《逻辑学》一书（大逻辑）的概要，虽然它们在形式、内容和细节等方面有许多差异。在“逻辑学”的结尾处是从“逻辑学”到“自然哲学”的过渡。从本体论上说，当逻辑理念在“概念论”中达到了“绝对理念”亦即自在自为的真理之时，“按照它同它自己的统一性来看，就是直观，而直观着的理念就是自然。”这就是说，“绝对理念”扬弃了一切差别和矛盾而实现了自身统一性，这个直接的统一性就是一个简单的事实，一个消解了所有间接性的现成的东西，这个东西就是“自然”。从宇宙论上看，这个达到了自身统一性的直接性（直观）的理念由于返回自身而享有绝对的自由，因而它便自由地决定将自身中的特殊规定和诸环节“释放”出来，将其自身作为它自己的反映，自由地外化为自然。换言之，现在“存在”在这里成了“存在着的理念”，而存在着的理念也就是“自然”。显然，从逻辑理念到自然的过渡具有某种神秘主义的色彩，不过这里的“过渡”不应该理解为时间意义上的过程，而应该看作是逻辑上的关系：逻辑理念是自然的本质性因素，自然乃是逻辑理念的外化和表现。
与近代哲学机械论的自然观不同，德国古典哲学的自然观将自然看作是一个有机的整体，以渗透于自然之中的内在的精神活动来解释自然的运动，将自然理解为历史性的运动发展的过程。这种思辨的自然哲学经过谢林的发扬光大，在当时的科学家们中间曾经引起了热烈的反响，他们在谢林的自然哲学中发现了一种不同以往的理解和说明自然的新的方式。与谢林相比，黑格尔的自然哲学显然更系统更完善，但是当他建立自己的自然哲学的时候，由于思辨的自然哲学已经为科学家们所厌倦，所以其影响反而没有谢林大。
在黑格尔看来，“自然界是自我异化的精神。精神在自然界里一味开怀嬉戏，是一位放荡不羁的酒神。在自然界里隐藏着概念的统一性。”绝对外化它自己而成为自然，自然不过是绝对的表现。然而也正是因为如此，绝对还不是现实的它自己，换言之，绝对还不是绝对精神。因此，黑格尔给自然哲学提出的课题是“扬弃自然和精神的分离，使精神能够认识自己在自然内的本质。”他把考察自然的方式规定为“概念的认识活动”，它是理论态度与实践态度的统一，其目的是把握事物的内在本质。在这种认识活动之中，我们强迫像希腊神话中那位千变万化的海神“普罗丢斯”一样的自然界停止它的变化，在我们面前显现和说明自身。