黑格尔把自然界划分为三个领域，这就是“力学”、“物理学”和“有机学”。“自然哲学”中的第一篇“力学”考察的是空间和时间、物质和运动以及天体的运动。“自然哲学”中的第二篇“物理学”考察的是表现为必然性纽带的隐蔽概念，在差别和对立中相互反映的个体性，分为“普遍个体性”、“特殊个体性”和“总体个体性”。在总体个体性中的“化学过程”中，无机自然界达到了最高的顶峰，向有机界这个更高的领域过渡。“自然哲学”中的第三篇“有机学”考察的是达到了其实在性的概念，作为充实的、自我性的、主观的总体，这就是“生命”。生命有机体划分为“地质有机体”、“植物有机体”和“动物有机体”，其终点就是精神的诞生。
“自然哲学”以从自然向精神的过渡作为它的终点。自然发展到了这样的阶段，它在有生命的东西中得到了完成。因此，“精神是在自然界中发展出来的。自然界的目标就是自己毁灭自己，并打破自己的直接的东西与感性的东西的外壳，像芬尼克斯那样焚毁自己，以便作为精神从这种得到更新的外在性中涌现出来。”因此，精神与自然之间的关系是，两者在根本上是统一的：精神是自然的本质，自然是精神的异化或表现。所以精神既可以说在自然之后，也可以说在自然之前：精神是从自然界中发展出来的，因而自然在时间上是在先的；然而就精神是自然的本质，精神是自然的真理性和最终目的，是理念的真正现实而论，精神则是真正在先的。“自然并不是一个固定的自身完成之物，可以离开精神而独立存在，反之，惟有在精神里自然才达到它的目的和真理。同样，精神这一方面也并不仅是一超出自然的抽象之物，反之，精神惟有扬弃并包括自然于其内，方可成为真正的精神，方可证实其为精神。”于是，我们就从自然哲学进展到了精神哲学。
“精神哲学”是黑格尔哲学全书体系中的最高阶段。如果说绝对理念在“逻辑学”中是潜在的，在“自然哲学”中是异在的，那么可以说它在“精神哲学”中则是现实的。因而“精神哲学”中所讨论的精神的发展过程既是人类精神认识绝对的过程，也是绝对成为绝对精神的过程，这两者是同一个过程。正是通过人类精神等于绝对的认识过程，绝对达到了自我认识从而成为了真正的现实。
“精神哲学”划分为三个阶段：“主观精神”、“客观精神”和“绝对精神”。当精神还只是处在它的尚未展开的概念中，还没有使它的概念成为有客观性的东西的时候，精神就是“主观精神”，也就是个体精神。“主观精神”分为“灵魂”、“意识”和“自我规定着的精神”三个环节，分别是“人类学”、“精神现象学”和“心理学”的研究对象，其结果是“自由意志”的形成。“客观精神”以自由意志为前提，它是个人之内在精神的外部表现，也就是现实的人类精神所创造的社会、国家、政治法律制度、风俗习惯和伦理道德等等的世界，所以它讨论的是普遍的精神。“客观精神”的三个发展阶段是“抽象法”、“道德”和“伦理”。精神在“抽象法”阶段表现为抽象的自由，自由意志尚处在外在化、客观化的阶段；“道德”所体现的是主观的自由，内在的良心；而“伦理”所体现的则是自由的充分实现，达到了内部与外部、主体与客体之间的统一。这一部分主要体现了黑格尔的法哲学和历史哲学的思想。
在某种意义上说，黑格尔可以看作是历史哲学创始人之一，许多人了解黑格尔都是从他的历史哲学开始的。从“实体即主体”的原则出发，黑格尔主张世界历史是一个合理性实现自身而成为现实性的过程，也就是自由成为现实的过程，因为自由乃是精神的本性：“世界历史无非是‘自由’意识的进展”，整个世界的最后的目的就是精神对其自身的自由的意识，亦即自由的现实。然而，自由毕竟只是内在的观念或原则，就其本身而言还不是真正的现实。所以内在的观念必须通过外在的手段加以实现，而驱使人们行动的原动力就是人们的需要、本能、兴趣和热情。于是黑格尔提出了著名的“理性的狡计”理论：就个人的行动而言，需要等等是他的直接动力，而观念和原则则是间接的动力。换言之，精神、观念和原则是通过利益、需要和热情来决定人的行动的。表面看来，每个人都是为自己的需要而行动的，而实际上他们的行动所实现的乃是理性自身的原则。显然，黑格尔看到了在个人行动背后的历史动因，以唯心主义的方式表达了历史规律的决定作用，但是他的历史哲学看似提高了个人在历史中的作用，但实际上将个人的行动当作了理性实现自身的工具和手段。这种过分强调整体性、普遍性原则的思想在现代哲学中尤其受到了人们的批评。
“精神哲学”的第三部分也是它的最高阶段是“绝对精神”。“绝对精神”经过了“艺术”、“宗教”和“哲学”三个阶段。在黑格尔看来，艺术、宗教和哲学都达到了无限性的境界，它们都以“绝对精神”作为认识的对象，所不同的是它们把握“绝对”的方式。“艺术”在直接性中把握“绝对”，它以感性形象化的方式把真理呈现于意识，因而是对绝对精神的具体的直观。“宗教”以表象的方式把握真理，它通过人对上帝的认识而呈现“绝对”。至于“哲学”则是“艺术”与“宗教”的统一，它以概念的方式把握真理，其形式是绝对精神的自由思想，从而真正使绝对精神成为了绝对精神。
（三）哲学体系
《哲学全书》虽然是黑格尔哲学思想最成熟时期的作品，但是它毕竟只是供教学使用的纲要，还有待他去展开和发挥。虽然体系的框架有了，但是黑格尔在世之时并没有以哲学著作的形式全面详尽地阐发他的哲学体系，我们不知道如果他写作了这样的哲学著作，其内容和细节会有怎样的改变，因为即使是教学纲要，《哲学全书》亦始终处于变化之中。譬如哲学体系的开端问题。哲学究竟应该以什么作为开端？在黑格尔看来，哲学不像一般科学那样总有其假定的前提，它是一个自己证明自己，自己创造自己的对象，自己返回自己的“圆圈”，因而哲学没有一般科学意义上的起点。
通常我们把黑格尔哲学体系的顺序理解为“逻辑学”、“自然哲学”和“精神哲学”，实际上在黑格尔看来，他的哲学体系不仅仅这一种排列方式，作为自我运动的“圆圈”，哲学可以从任何地方开始。在《哲学全书》的结尾之处（第575、576、577节），黑格尔分别以逻辑、自然和精神为“中项”提出了三个推论：
第一个推论：逻辑理念－－自然－－精神。自然作为逻辑理念与精神的“中项”展开于这两个极端之间，它是直接性的存在，在时间上在先的东西；
第二个推论：自然－－精神－－逻辑理念。精神作为自然与逻辑理念的“中项”，是自然的预定目标，因而是先于自然的，它能够在自然中认识到逻辑理念，从而使自然得到提升而返回自己的本质；
第三个推论：精神－－逻辑理念－－自然。逻辑理念作为精神与自然的“中项”，乃是这两者的绝对实体，它把自己区分为自然与精神，将它们规定为自己的显现。因而逻辑理念在逻辑上是真正在先的。
《哲学全书》以绝对精神成为真正的现实而告结束。据此人们经常指责黑格尔狂妄自大到了极点，自以为自己可以而且确实穷尽了所有的真理。黑格尔确实说过：“那在时间上最晚出的哲学体系，乃是前此一切体系的成果，因而必定包括前此各体系的原则在内；所以一个真正名副其实的哲学体系，必定是最渊博、最丰富和最具体的哲学体系。”然而另一方面我们也不应该以通常的观点来理解黑格尔为哲学所确立的终点。《哲学全书》的最后一句话是这样的：“永恒的自在自为地存在着的理念，作为绝对精神，永恒地实现自己、产生自己、享受自己。”由此可见，哲学并不因为认识了绝对精神就停滞不前了，它还在运动着，只不过这种运动与以往不同，它是一种永恒的、无限的运动。

六、形而上学的终结
毫无疑问，黑格尔是有史以来最伟大的形而上学家，他一方面使自亚里士多德以来哲学家们所怀抱的让哲学成为科学的理想最终得以实现，另一方面亦使形而上学这一古典哲学曾经走了2000多年的哲学之路终于走到了尽头。形而上学的观念在黑格尔哲学中得到了淋漓尽致的发挥，但亦象一个人临终之前的回光返照一样，不过是走向了最后的辉煌而已。我们可以说黑格尔既是最好的形而上学家，也是最坏的形而上学家：他是最好的形而上学家，因为没有哪个哲学家能够像他那样建立起如此恢宏、如此庞大乃至如此“合理”、如此严密的形而上学体系；然而由于传统形而上学这条路最终被历史证明是根本不可能的，所以这个最好的形而上学家当然也就是最坏的形而上学家。总而言之，黑格尔哲学标志着形而上学的完成，同时亦标志着形而上学的终结。20世纪西方哲学的众多流派大多从反形而上学起家，它们以黑格尔哲学为靶子，猛烈地批判了形而上学。
那么，黑格尔哲学的局限性主要体现在什么地方？
首先是黑格尔哲学的理性主义与唯心主义。在古典哲学中，理性主义往往也就是唯心主义，因为它的根据和基本原则建立在宇宙的合理性之上，这个原则用黑格尔的话说就是“理性统治世界”。在当代哲学看来，黑格尔企图穷尽绝对真理实在是狂妄自大，而他将宇宙自然的本质或实体看作精神或理性更是没有根据的。唯心主义者如黑格尔一方面认为我们能够认识事物的本质，另一方面又据此而主张事物的本质即是共相因而也就是概念、理性或精神，这不过是一种循环论证。因此，无论黑格尔哲学看上去多么精致，无论它体现了怎样美好的理想，归根结底是建立在虚幻的基础之上的。由于当代哲学一般地排斥形而上学的研究对象，放弃了理性统治世界这种乐观的理性主义立场，因而黑格尔哲学即使不被看作是美丽的谎言，最好的结果也就是某种美丽的梦幻而已。
其次是黑格尔哲学的普遍主义和整体主义。其实这并不是黑格尔所独具的特色，形而上学作为形而上学通常都有这种特性，因为它以宇宙之统一的本质或根据作为研究的对象，只不过黑格尔哲学表现得最典型而已。对于当代哲学来说，最令人难以容忍的就是黑格尔把人类精神看作是绝对精神实现自己的手段，把个人看作是世界历史进程的工具，以至于人们甚至视黑格尔哲学为国家主义、纳粹主义的理论根据。20世纪的哲学家们大多坚持个人的不可通约性，所以他们不仅放弃了古典哲学乐观的理性主义，而且对那种以普遍抽象的人性来规定个人的观念，尤其是黑格尔将个人淹没在绝对之汪洋大海之中的理论学说深恶痛绝。
最后就是黑格尔哲学晦涩思辨的辩证法。据说黑格尔生前就曾抱怨说人们甚至包括他自己的学生都不理解他的思想，情况确实如此。哲学家们的思想一向被人们认为是晦涩难懂的，黑格尔的思想尤其如此，以至于许多哲学家都指责他故意将简单的东西弄得复杂化了，认为黑格尔是在故弄玄虚。虽然黑格尔关于联系和发展的观点，关于事物自身的矛盾运动的思想已经成了人们的认识活动自觉或不自觉的基本观念，但是他那种将所有一切事物牵强附会地统统纳入严格规整的辩证法的做法确实是无法为人们所接受的。在人们看来，黑格尔不是从事物本身出发，而是从自己的思辨方法出发来说明和解释事物的，因而他所谓的科学不过是一种伪科学。
人们对黑格尔哲学的批判还有很多，这些批评和指责有些确实击中了黑格尔的要害，但是也有一些是源于对他的误解，而且即使这些批评都是正确的，我们也不应该因此而彻底否定黑格尔哲学在哲学史上的贡献和意义。不仅如此，批判黑格尔的前提条件是真正理解黑格尔。所以借用黑格尔的一个术语，我们对待黑格尔哲学应该采取“扬弃”的方式。显而易见，黑格尔哲学至今尚未被我们所“扬弃”，这仍然是摆在我们面前的一项艰巨的工作。