DNA拓扑异构酶为催化DNA拓扑学异构体相互转变的酶之总称。催化DNA链断开和结合的偶联反应，为了分析体外反应机制，用环状DNA为底物。在闭环状双链DNA的拓扑学转变中，要暂时的将DNA的一个链或两个链切断，根据异构体化的方式而分为二个型。切断一个链而改变拓扑结构的称为Ⅰ型拓扑异构酶（top- oisomeraseⅠ），通过切断二个链来进行的称为Ⅱ型拓扑异构酶（topoisomeraseⅡ）。
Klenow片段：E.coli DNA聚合酶Ⅰ经胰蛋白酶或枯草杆菌蛋白酶部分水解生成的大片段。该片段保留了DNA聚合酶I的5ˊ-3ˊ聚合酶和3ˊ-5ˊ外切酶活性。
引发体（primosome）是DNA复制过程中的一种负责专一性引发的多酶复合物，位于复制叉的前端，能够生成后随链冈崎片段合成必需的RNA引物，由引发前体和引物酶组成
滞后链：与复制叉移动的方向相反，通过不连续的5ˊ-3ˊ聚合合成的新的DNA链。
冈崎片段；相对比较短的DNA链，是在DNA的后随链的不连续合成期间生成的片段
复制体；遗传学的复制体是指参与DNA复制的蛋白质复合物，其中至少含有DNA聚合酶及引发体(primosome,引发酶与其他分子的复合物),SSB,解旋体等
点突变，也称作单碱基替换（single base substitution），指由单个碱基改变发生的突变。可以分为转换（transitions）和颠换（transversions）两类。
移码突变：在正常的DNA分子中，碱基缺失或增加非3的倍数，造成这位置之后的一系列编码发生移位错误的改变，这种现象称移码突变。
诱变剂；凡是能引起生物体遗传物质发生突然或根本的改变，使其基因突变或染色体畸变达到自然水平以上的物质，统称为诱变剂。
同源重组（Homologous Recombination) 是指发生在非姐妹染色单体之间或含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合，属于保守重组。
转化（transformation）是某一基因型的细胞从周围介质中吸收来自另一基因型的细胞的DNA而使它的基因型和表现型发生相应变化的现象。
转导（transduction）由噬菌体将一个细胞的基因传递给另一细胞的过程。
转座子；一段DNA顺序可以从原位上单独复制或断裂下来，环化后插入另一位点，并对其后的基因起调控作用，此过程称转座。这段序列称跳跃基因或转座子，可分插入序列（Is因子），转座（Tn），转座phage。
不对称转录；DNA为双股链分子，转录过程只以基因组DNA中编码RNA的区段为模板。把DNA分子中能转录出RNA的区段，称为结构基因（structure gene）。结构基因的双链中，仅有一股链作为模板转录成RNA，称为模板链(template strand)，也称作Watson（W）链(Watson strand)、负（-）链(minus strand)或反意义链(antisense strand)。与模板链相对应的互补链，其编码区的碱基序列与mRNA的密码序列相同（仅T、U互换），称为编码链(coding strand)，也称作Crick（C）链（Crick strand）、正（+）链(plus strand)，或有意义链(sense strand)。不同基因的模板链与编码链，在DNA分子上并不是固定在某一股链，这种现象称为不对称转录(asymmetric transcription)。
σ因子；是一种非专一性蛋白，作为所有RNA聚合酶的辅助因子起作用。 σ因子是 DNA依赖的RNA聚合酶的固有组分，它识别启动子共有序列且与全酶结合。σ因子通常与 DNA结合，且沿着 DNA搜寻，直到在启动子碰到核心酶。它与DNA的结合不需依靠核心酶。
启动子；RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列。
Pribnow盒；原核生物中，在起始密码子上游10bp处有一个由5-6个核苷酸组成的共有序列，所以又称—10序列，是转录的解旋功能部位，具有高度保守性和一致性。
转录因子；真核细胞中，与RNA聚合酶一起形成转录起始复合体，共同参与转录起始过程的蛋白质等物质。
小RNA；MicroRNA (miRNA) 是一类长度约为20-24个核苷酸长度的具有调控功能的非编码RNA。 miRNA 主要参与基因转录后水平的调控
RNA干扰（RNA interference, RNAi）是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。
密码子codon，信使RNA分子中每相邻的三个核苷酸编成一组，在蛋白质合成时，代表某一种氨基酸。
核蛋白体循环ribosomal cycle：广义的核蛋白体循环是指氨基酸活化后，在核蛋白体上缩合形成多肽链的过程，该过程包括肽链合成的起始，肽链的延长，肽链合成的终止和释放，狭义的核蛋白体循环指多肽链合成过程中肽链延长阶段，它由进位，成肽和转位3个步骤循环进行，直至终止阶段。
多核蛋白体；细胞内多个核蛋白体链接在同一条mRNA分子上，进行蛋白质合成。这种聚合体称为多核蛋白体。
操纵子（operon）：指启动基因、操纵基因和一系列紧密连锁的结构基因的总称。转录的功能单位。很多功能上相关的基因前后相连成串，由一个共同的控制区进行转录的控制，包括结构基因以及调节基因的整个DNA序列。主要见于原核生物的转录调控。
顺式作用元件顺式作用元件；存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列。包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等，它们的作用是参与基因表达的调控。顺式作用元件本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子相互作用而起作用。
反式作用因子；是指能直接或间接地识别或结合在各类顺式作用元件核心序列上参与调控靶基因转录效率的蛋白质。
抑制子：其能够与顺式作用元件结合导致基因转录或翻译的抑制。
信号识别颗粒（SRP）在真核生物细胞质中一种小分子RNA和六种蛋白的复合体，此复合体能识别核糖体上新生肽末端的信号，顺序并与之结合，使肽合成停止，同时它又可和ER膜上的停泊蛋白识别和结合，从而将mRNA上的核糖体，带到膜上。
信号识别颗粒受体；内质网膜中的整合蛋白，可与核糖体-新生肽链-信号识别颗粒复合体结合，导引新生肽链进入转移体通道。由α和β两个亚基构成。
释放因子：识别终止密码子引起完整的肽链和核糖体从mRNA上释放的蛋白质。
延伸因子（elongation factors，EF）是在mRNA翻译时促进多肽链延伸的蛋白质因子。在原核生物和真核生物中，延伸因子并不相同。
起始复合物；由一个mRNA、一个接合子mRNA的特定位点（RBS；核糖体结合位点）的30s核糖体亚基和一个与起始密码子相互作用的N-甲酰甲硫氨酸tRNA相结合而成。
无义抑制因子；将氨基酸连接在终止密码子处的tRNA上可抑制无义突变的因子。
信号序列（signal sequence）：引导蛋白质定向转移的线性序列，通常有16-26个氨基酸残基，对所引导的蛋白质没有特异性要求。
多聚核糖体（polyribosome）是指合成蛋白质时，多个甚至几十个核糖体串联附着在一条mRNA分子上，形成的似念珠状结构。
单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。
分子伴侣；一类在序列上没有相关性但有共同功能的蛋白质，它们在细胞内帮助其他含多肽的结构完成正确组装，在组装完毕后与之分离，不构成这些蛋白质结构执行功能时的组份。
编码链；双链DNA中，不能进行转录的那一条DNA链，该链的核苷酸序列与转录生成的RNA的序列一致（在RNA中是以U取代了DNA中的T），又称有义链（sense strand）。
持家基因(house-keeping genes)：又称管家基因，是指所有细胞中均要表达的一类基因，其产物是对维持细胞基本生命活动所必需的。
操纵基因；控制操纵子中结构基因转录的基因，位置在结构基因的前端。
结构基因；是指编码任何蛋白质或非调控因子的RNA的基因，是操纵子的一部分。
启动子；RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列，是基因的一个组成部分，控制基因转录的起始时间和表达的程度。
阻遏物repressor 基于某种调节基因所制成的一种控制蛋白质，具有抑制特定基因（群）产生特征蛋白质的作用。
衰减子（弱化子）；是指原核生物的操纵子中可以明显衰减乃至终止转录作用的一段核苷酸序列，位于操纵子的上游。
基因扩增；为一特异蛋白质编码的基因的拷贝数选择性地增加而其他基因并未按比例增加的过程。
沉默子也称为沉默子元件，是真核基因中的一种特殊的序列，与增强子有许多类似之处。沉默子能够同反式因子结合从而阻断增强子及反式激活因子的作用，并最终抑制该基因的转录活性。
转录激活剂（transcriptional activator）通过增加RNA聚合酶的活性来加快转录速度的一种调节DNA结合蛋白。
原癌基因（proto-oncogene）是细胞内与细胞增殖相关的基因，是维持机体正常生命活动所必须的，在进化上高等保守。当原癌基因的结构或调控区发生变异，基因产物增多或活性增强时，使细胞过度增殖，从而形成肿瘤。