13. Translational control of eukaryotic gene expression主要有哪些方式？举例说明。
方式有四：
1）翻译抑制蛋白跟调控序列结合，阻止核糖体的结合起始密码子AUG，抑制翻译起始；
2）通过核糖开关来调控：SAM与其核糖开关结合，使核糖开关结构改变，封闭了AUG，翻译无法起始，SAM去除使AUG暴露，翻译起始；
3）mRNA自身形成二级结构，封闭了起始位点，当温度升高，破坏了RNA的发夹二级结构使AUG暴露，翻译进行；4）反义RNA可通过是否与AUG结合来调控翻译；
5）polyA的长度的调节；
6）mRNA的降解
以细胞内Fe水平的调控为例
1）当细胞内Fe水平很低时，阻遏蛋白结合到编码铁蛋白的mRNA的5'-UTR，形成特征性二级结构，阻止核糖体的结合，从而抑制铁蛋白的合成；当细胞内Fe水平很高时，Fe与阻遏蛋白结合，使之构象改变离开mRNA的5'-UTR,从而核糖体可以结合，起始翻译。
2）当细胞内Fe水平很低时，阻遏蛋白通过结合到编码运铁蛋白受体的mRNA的3'-UTR上，形成特征性二级结构，保证了mRNA的稳定性，使得运铁蛋白受体稳定合成。当细胞内Fe水平很高时，Fe与阻遏蛋白结合，改变其构象，使其从mRNA上脱离，暴露了mRNA上的内切酶位点，使mRNA被降解，从而限制了运铁蛋白受体的合成。
14. Eukaryotic mRNA decay主要有哪些方式？
主要有两种：首先，poly-A逐渐缩短，当polyA短于30个时不稳定，然后：1）5’脱帽，从5’→3’快速降解；2）不脱帽，迅速从3’→5’降解。
真核生物mRNA降解主要有两种方式：
一种是：脱腺苷酸依赖型的降解。现在认为这种降解机制是真校细胞中最主要的 mRNA降解方式。这种降解方式的第一步就是脱腺苷酸，亦即降解是从 po l y（A）尾巴的缩短开始的。研究表明poly（A）尾巴的缩短是许多真核细胞mRNA降解所必需的，poly（A）尾巴长度缩短到什么时候时进行降解，这在动物与酵母中是不一样的。在动物细胞中poly（A）尾巴达到约26－60个腺苷酸残基时就开始进行降解，而在酵母中必须缩短10－12腺苷酸残基时才开始降解。
另一种是：mRNA发生脱帽反应。在酵母和哺乳动物中都已分离出专门催化脱帽反应的脱帽酶。由脱帽酶负责切除mRNA5‘端的由鸟苷酸形成的帽子结构。在太多数真核细胞中失去帽子结构的mRNA都是很不稳定的，脱帽之后的mRNA很容易地就被5‘－3’核酸外切酶识别水解了。
15. 拟南芥细胞中的RNAP IV和RNAP V的主要功能是什么？
催化siRNA的形成，并和异染色质的形成密不可分
RNAP IV：1)可以直接利用甲基化的DNA做模板来进行转录；2)可以利用单链RNA做模板来产生双链RNA，然后经过切割加工产生siRNA；3)与DNA、染色质的表观遗传修饰相关
RNAP V：介导异染色质的形成
16. 以“美臀羊”表型的基因表达调控模式为例，解释“中心法则已经过时”的原因。
中心法则过于简单：DNA转录RNA，RNA翻译蛋白，蛋白完成几乎所有的工作。中心法则给人以错误的暗示，往往把表达蛋白的DNA才叫做基因，然而实际上，编码蛋白的DNA只占人类基因组的2%，越来越多的调控RNA被发现，而它们本身并不翻译蛋白。同时，DNA，RNA及表观遗传的标记形成链锁，并且存在自我调控的系统，显然需要新的理论来取代中心法则。
拿美臀羊来说，即便美臀羊（雌）含有美臀基因c®遗传给子代，子代表型依然正常，并且携带双突变等位基因c®的绵羊表型正常。显然，这用中心法则很难解释。
研究发现，绵羊18号染色体靠近端粒区的高度保守结构域DIK1-GtI2印记结构域内，出现了A→G突变，这是野生绵羊跟美臀羊的唯一区别。该区域存在很多编码基因及非编码基因，在正常状态下，DIK1-GtI2印记结构域父源（表达蛋白Dlk1）跟母源基因（表达Gtl2、Meg8 小分子RNA）的甲基化区域不同，二者受印记调控元件IG-DMR的调控。A→G突变后，父源基因CPat表达Dlk1蛋白的量增多，肌肉纤维比例增大，脂肪减少，母源基因CMat表达的Gtl2、Meg8等调控RNA的量增多。对于纯合子CPat/CMat，由于高表达的Gtl2、Meg8抑制Dlk1，故表型正常；对于杂合子CPat/-，由于缺乏Gtl2、Meg8的抑制，故Dlk1高表达，表现为美臀；对于杂合子CMat/-，由于Dlk1不会高表达，表现为正常。

三．Chromosomes, Chromatin & Nucleosomes （王芳）
Ⅰ名词解释
1. Centromere                                                                                        着丝粒，位于异染色质区，是染色体上一个高度压缩的结构区域。是真核生物细胞在进行有丝分裂和减数分裂时，染色体分离的一种“装置”，具有连接纺锤丝的作用位点。
2. Telomere                                                                                             端粒，存在于线性染色体末端的一个特殊结构（DNA重复序列），它可以抵抗染色体重组和DNA降解，还可以作为染色体末端复制的特殊起点，保证染色体末端的完整性。
3. Chromatin                                                                                        染色质，间期细胞核内能被碱性染料染色的物质，是遗传物质存在形式，为DNA、组蛋白、非组蛋白和少量RNA组成的复合物。染色质有常染色质和异染色质两种状态。
4. Chromosome scaffold                                                                               染色体支架，处理处于分裂中期的细胞，去除组蛋白得到的蛋白质复合物即为染色体支架，形状类似于分裂中期的姐妹染色单体，由TopoII和SMC蛋白组成，是30nm纤维形成染色体所必须的结构蛋白。
5. Nuclear matrix                                                                                     核基质，利用去污剂、DNase、RNase和高浓度盐处理分裂间期细胞核，核膜内将出现的散布的网络纤维状结构。主要包括一些纤维蛋白、大的RNA分子以及一些DNA复制和转录所需要的酶类。
6. Cohesion                                                                                          黏结蛋白，由两分子SMC和另一非SMC蛋白组成,形成环状结构。作用是将两条姐妹染色单体连接在一起，维持染色单体在分离之前相互连接的状态。
7. Condensing                                                                                        凝聚，在一轮细胞分裂中，染色体的结构发生多次变化。当细胞的染色体分离时，染色体处于最压缩的状态。形成这种压缩状态的过程称为染色体凝聚。凝聚状态下，染色体间完全独立，大大方便了分离过程的进行。   
Condensins：
凝聚蛋白，由SMC蛋白组成，形成环状结构，作用是将一条染色体的不同区域连接起来，保证单一染色体有效的压缩，维持其凝聚状态。
8. Pseudogene
假基因，基因组中功能基因的有缺陷拷贝，其中缺陷包括无义突变、移码突变、控制区突变等。即与有功能的基因在核苷酸顺序的组成上非常相似，却不具有正常功能的基因，无法编码由功能的蛋白质产物。
9. Packaging Ratio
 包装比，基因组DNA分子的全长与包装它的外壳的直径之比，反映DNA分子的凝聚状态，可以保护DNA免受降解，有利于精确地将它分配到子代，使基因表达，调控构成组构。
10. Nucleosome
核小体，是染色质的基本组成单位，包装紧密，由DNA和组蛋白组成。147bp的核心DNA绕核心组蛋白8聚体[H3×2+H4×2+(H2A+H2B)×2]1.75圈，再由连接DNA与H1将各个组蛋白核心连接，构成完整的核小体。
11. Histone fold
组蛋白折叠，指核心组蛋白中的保守区域，由3个α螺旋组成，被2个不规则的环隔开，组蛋白折叠调节特异配对的组蛋白异源二聚体的形成，来实现核小体的组装。
12. The lampbrush chromosome
灯刷染色体，一般染色体压缩紧密，高度致密，而两栖动物卵母细胞在减数分裂期形成含有4个染色单体的高度伸展的染色体中间紧密，两端松散，呈灯刷状，称为灯刷染色体。灯刷染色体两侧的松散区具有转录活性。可以合成大量的RNA，为卵母细胞将来的发育做准备。
13. Polytene chromosomes
多线染色体，指双翅目蝇类幼虫某些组织中存在的光镜下可见的巨大染色体，由于细胞多次复制但不分裂，以伸展状态聚集于细胞内而形成的长度长、直径宽的染色体。可利用其特性通过原位杂交来实现基因定位等。
14. Puff